나치의 만행이 극에 달했던 1944년, 아우슈비츠 수용소에는 시체들을 처리하기 위한 비밀 작업반이 있었다. ‘존더코만도’라 불리던 이들은 X자 표시가 된 작업복을 입고 아무 것도 묻지 않고 오직 시키는 대로 주어진 임무를 수행한다. 그러던 어느 날, ‘존더코만도’ 소속이었던 남자 ‘사울’의 앞에 어린 아들의 주검이 도착한다. 처리해야 할 시체더미들 사이에서 아들을 빼낸 ‘사울’은 랍비를 찾아 제대로 된 장례를 치러주기로 결심하는데…

1938년 체코는 독일에 의해 합병을 당한다. 나치는 체코를 독일 3제국 보호령으로 임명을 하고, 해군에서 불미스런 사건으로 강제 전역을 당한 하이드리히(제이슨 클락)를 총독 대리로 파견하게 된다. 그리고 시작된 유대인 학살 정책들. 런던에서는 하이드리히를 암살한 두 명의 요원을 파견하게 되고, 그들은 체코에 있는 비밀 결사 조직의 도움을 얻어 계획을 준비하게 된다. 점점 다가오는 하이드리히 암살 작전. 하지만 그들이 계획을 실행하기 직전 체코 비밀 조직이 적들의 습격에 당하게 되면서 계획에는 큰 차질을 빚게 된다. 과연 그들은 하이드리히의 암살 작전을 무사히 성공 시킬 수 있을 것인가?