Film jutustab rohelisest sookollist Shrekist, kes on harjunud elama üksinda soo peal. Aga Shreki rahu saab rikutud muinasjuttude tegelastega, keda Duloci valitseja Lord Farquaad sunnib soo peale kolima.
Mesinädalatelt naasnud Shrek ja Fiona saavad Fiona vanematelt, Kauge Kauge Kuningalt ja Kuningannalt, küllakutse tähistamaks tütre abielu. Kohalejõudes näevad aga Fiona vanemad, et nende väimees pole kaugeltki see, keda nad oleks oodanud…
Dr. Evil (Mike Myers) kasutab enda leiutatud "Ajamasinat" ning rändab tagasi aastasse 1969. Just sel aastal külmutati nii ta ise kui ka Austin Powers (ka Myers). Ajas rändamise eesmärgiks on varastada Powersile elutähtis Mojo, ilma milleta pole salaagendi elu enam sama. Kui Powers on teelt kõrvaldatud, ei segaks enam miski maailma vallutamast.
Fionaga abielludes polnud Shrekil aimugi, et seetõttu peab ta ühel päeval võibolla kuningaks hakkama. Kui Shreki äiapapa, kuningas Harold korraga lahkub, ootab teda just see au. Välja arvatud juhul, kui Shrek (koos oma ustavate kaaslaste Eesli ja Saabastega Kassiga) leiaks enda asemele sobiva kuninga. Kõige lubavam kandidaat oleks Fiona nõbu Artie, keskkoolis õppiv ebakuninglik hädavares, kellest väärilise troonipärija kasvatamine näib olevat üks raskemaid ülesandeid, millega Shrek ja sõbrad eales silmitsi seisnud on.