L'histoire se déroule avec Conan Edogawa, Ai Haibara et leurs trois camarades de classe, les Détectives Boys, accompagnés du professeur Agasa, vont faire du camping près du Mont Fuji et sont invités suite à la rencontre de Tokiwa Mio à l'inauguration des deux tours jumelles de Nishitamashi dont elle est la propriétaire. Kogoro Mouri, Ran et Sonoko sont également invités. Cependant, d'étranges évènements semblent déranger Conan : À qui Haibara téléphone-t-elle à des heures indiscrètes ? Quelle est la cause d'une série de meurtres touchant les participants à la construction de ces deux tours ? Et que font les hommes en noirs qui guettent à proximité ?

Lupin, le célèbre cambrioleur, serait mort ! Il est effectivement exécuté par pendaison dès l'ouverture du film. Cependant, il existe encore un homme qui refuse de croire à sa mort : l'inspecteur Zenigata, son ennemi juré. Ce dernier découvre la survie inexplicable de Lupin et, fou de joie, lui promet de le poursuivre à travers le monde même s'il doit le suivre jusqu'en Enfer.

De longues années après la fin du premier Gunbuster, les aliens réapparaissent. Au même moment, certains humains naissent avec des pouvoirs psychiques spéciaux: les Topless. Réunis dans une organisation dénommée la Fraternité, eux seuls peuvent contrôler un nouveau type de robots, les Gunbusters. Nono, une jeune fille sensible, rêve de devenir pilote spatiale.

Ce film résume la seconde moitié de la seconde saison de la série Mobile Suit Gundam 00, en y rajoutant des scènes inédites.

En 1814, HOKUSAI est un peintre reconnu de tout le Japon. Il réside avec sa fille O-Ei dans la ville d’EDO (l’actuelle TOKYO), enfermés la plupart du temps dans leur étrange atelier aux allures de taudis. Le "fou du dessin", comme il se plaisait lui-même à se nommer et sa fille réalisent à quatre mains des œuvres aujourd’hui célèbres dans le monde entier. O-Ei, jeune femme indépendante et éprise de liberté, contribue dans l’ombre de son père à cette incroyable saga artistique.

Lupin tente et échoue à voler un précieux ensemble de plaques photographiques japonaises. Le propriétaire légitime des plaques, Michael Suzuki, est un multimillionnaire qui s'apprête à ouvrir un immense parc aquatique à Tokyo. Lupin tente d'obtenir l'aide de ses camarades Jigen et Goemon, mais il ne peut pas compter sur eux. Jigen souffre d'un mal de dents qui l'empêche d'être au mieux de sa forme, et Goemon s'est honteusement fait voler son épée, Zantetsuken, par Suzuki pour qu'elle soit exposée dans sa collection d'art. Le groupe travaille sur un plan avec Fujiko pour récupérer les plaques et l'épée.

Tous les protagonistes racontent leur version de l'histoire et donnent des précisions sur les zones d'ombre.

OAV fournie avec le roman Bungaku Shoujo: Miranai no Shousin en édition limitée. Cette OAV nous présente l'univers déjanté de Toko Amano et Konoha Inoue, membres d'un club littéraire de leur lycée.

Deux héros venant d'une ville futuriste assiégée par des créatures mutantes sont envoyés dans le passé pour tenter d'éviter sa destruction...