پدرخوانده با از دست دادن برادرش در جریان فعالیتهای تبهکارانه ی خانواده و مبارزه با دیگر خانواده‌ها و همچنین جداشدن همسرش تصمیم گرفته است تا فعالیتهای خانواده را کاملا قانونی کند. بدین منظور قصد دارد تا شرکتی که درآمد اصلی کلیسای واتیکان را تامین می‌کند خریداری نموده و مدیریتش را به دختر و پسرش واگذار کند. اما این معامله ایست پر سود و سران خانواده‌های مافیایی نیز خواهان شریک شدن در آن هستند. از طرفی در کلیسا نیز دستهایی پنهان در تلاش است تا جلو انعقاد این قرارداد را بگیرد. پدرخوانده نیز برای شریک نکردن سران مافیا تاوان سنگینی را خواهد پرداخت.
یوری اورلوو (نیکلاس کیج) یک دلال اسلحه است. او کارش را با فروختن اسلحه به اوباش خیابانی شروع می کند و بعد از گذشت ۱۰ سال، با یک فرمانده ارتشی افریقایی قرارداد فروش سلاح می بندد. از طرفی یک مامور پلیس بین الملل نیز او را تعقیب می کند و در این بین او میان وسوسه‌های نفسانی برای ادامه به این تجارت و عذاب وجدان بخاطر این تجارت کثیف، می ماند.
خلافكارى به نام » دیو كانوى « ( فورد ) هر روز یك سیب از » آنى « ( دیویس )، پیرزن فروشنده ى دورگرد و دائم الخمر مى خرد، چون تصور مى كند كه با این كار خودش را از گزند مافیا در امان نگه مى دارد. تا این كه دختر » آنى « ( آن مارگرت )، با این تصور كه مادرش خانمى ثروتمند است، مى خواهد به دیدنش بیاید. حالا » دیو « و عده ى بسیارى دست به دست هم مى دهند تا از » آنى « یك » خانم « بسازند.