해적선 메가파우나를 타고 지트단을 쫓는 베를리 제남일행. 그 사이 캐피털 아미, 아멜리아군, 돌렛 함대가 카시바 미코시 부근에서 치열한 전투를 벌이면서 지구권의 전황은 완전히 달라지고 있었다.전쟁이 낳는 비극과 증오를 없애려는 베를리지만 캐피털 아미와 지트단의 공투, 아멜리아군과 돌렛함대의 연대에 의해 우주전함마저 격침하는 파괴력을 자랑하는 모빌슈트군이 차례로 전장에 투입되고 이윽고 싸움의 장소는 대기권 안으로 옮겨가는데…

자원이 고갈된 지구를 구하는 에너지인 '포톤 배터리'. 지구에서는 제조할 수 없는 에너지 장치의 공급원으로 향하기 위해 지구권을 떠난 베를리 제남, 아이다 술간 등이 승함하는 메가파우나는 마침내 목적지인 금성 주역에 있는 비너스 그로브에 도달한다.지구로의 귀환=레콩기스타 작전을 목표로 하는 지트단과의 싸움을 거쳐, 아이다는, 「포톤·배터리」의 생산과 공급을 독점하고 있는 단체 「헤르메스 재단」의 라·구 총재와의 회담의 기회를 얻는데….