تعلم شابّة أمريكية من أصل صيني أن جدّتها تحتضر، لكنّها تُجبَر على إبقاء الأمر طيّ الكتمان خلال حفل زفاف غير مخطّط له مُقام في "الصين".
في بلدة ريفية على حدود الأراضي السحرية، يوعد شاب حبيبته بالبحث عن نجمة سقطت من خلال مغامرة كبرى في عالم السحر.
طفل يتمنى في مدينة ملاه في ليلة أن يصبح شخصا ناضجا، ليستيقظ صباحا ويجد نفسه قد كبر عشر سنوات فجأة، جسديا، ولكن عقله ما زال عقل طفل صغير، ليترك البيت ويبدأ الحياة فى عالم البالغين، ويعمل في شركة مرموقة، ويحقق نجاحا جبارا لم يكن ليستطيع أن يحققه أحدهم في عالم الكبار، ويصبح ذا شأن كبير.
في سبيل إنقاذ اﻷرض من هجوم فضائي يستهدفه، يقرر اﻷدميرال جيمس تي كيرك وفريقه الهارب أن يتوجهوا بالزمن إلى العام 1986، من أجل استعادة الكائنات الوحيدة التي تستطيع التواصل معهم: الدلافين.
يصبح (نيو) آخر آمال البشر، فهو الوحيد القادر على فعل المعجزات، ويحاول (نيو) أن ينقذ مدينة زيون التي سوف تقع قريبًا تحت حصار الآلات. يضع الجميع بقيادة (مورفيوس) ثقتهم الكاملة في (نيو)، ويعلقون عليه الآمال بإنهاء الحرب مع الآلات، لا سيما وهم مؤمنون بالنبوءة التي تتوقع نجاحه. يقرر (نيو) وحبيبته (ترينتي) مرافقة (مورفيوس) إلى الماتريكس لمحاولة الوصول إلى قلب النظام عن طريق صانع المفاتيح. في الوقت ذاته ينجو العميل (سميث) من الإلغاء، ويصبح أكثر قوة عن ذي قبل، ويضع نصب عينه هدفًا أساسيًا هو ملاحقة (نيو).
في عام 1933 في نيويورك ، يجبر منتج سينمائي طموح للغاية فريق عمله وطاقم السفينة المستأجر على السفر إلى جزيرة الجمجمة الغامضة ، حيث يواجهون كونغ ، وهو قرد عملاق مغرم على الفور بالسيدة الرائدة.
يكتشف نيو (كيانو ريفز) أنه بطريقة ما قادر على استخدام قوته في العالم الحقيقي، وأن عقله باستطاعته التحرر من جسده؛ ولذلك يجد نفسه إذ فجاة محاصرًا في محطة قطار ما بين العالم الحقيقي والماتركس. في أثناء كل هذا تستعد زيون (ريني ناوفاهو) لحرب شعواء ضد الماكينات رغم صعوبة فوز زيون بتلك الحرب. وبين هذا وذاك لا يعلم كلا الطرفين أن هناك طرفًا ثالثًا يسعى للقضاء على العالم كله.
يجتمع كاي وجاي لتقديم أفضل خط دفاع لنا ، وأخيراً ، والوحيد ضد الفاتنة الشريرة التي تقاوم أقوى بيان مهمة لـ MIB - تحدي حماية الأرض من حثالة الكون. لقد مرت أربع سنوات منذ أن تجنب العملاء الباحثون عن الفضائيين كارثة بين المجرات ذات أبعاد أسطورية. الآن هو سباق مع الزمن حيث يجب على جاي إقناع كاي - الذي ليس لديه أي ذكرى على الإطلاق للوقت الذي أمضاه مع MIB فحسب ، ولكنه أيضًا الشخص الحي الوحيد المتبقي مع الخبرة لإنقاذ المجرة - لم شمله مع MIB من قبل تخضع الأرض للدمار النهائي.
في عام 1957، يتصارع (إنديانا)، الذي أصبح أكبر سنًا وأكثر حكمةً، مع عملاء الإتحاد السوفيتي الذين يقودهم (سبالكو) من أجل الحصول على الجمجمة البلورية، وتقود المغامرات (جونز) إلى أمريكا اللاتينية والجنوبية، ابتداءً من مدينة نيو مكسيكو، ثم كونيكتكت، والعاصمة المكسيكية ميكسيكو سيتي، وأدغال بيرو.