Häbelik (ja sobiva nimega) Kokutis on teismeline viiking, kes ei kuulukski nagu oma perekonda, mis koosneb eranditult kangelaslikest lohetapjatest. Kokutise maailm pööratakse pea peale pärast seda, kui ta kohtab noorukest lohet, kes paneb poisi ümbritsevat maailma täiesti uue nurga alt vaatama.
Lõvi Alex, sebra Marty, kaelkirjak Melman ja jõehobu Gloria on ikka veel Madagaskaril, kuid vahepealse aja jooksul on sündinud sedavõrd hullumeelne plaan, et see võib isegi toimida. Nimelt on suutnud ettevõtlikud pingviinid seada töökorda vana lennukivraki ning nüüd kavatsevad sõbrad sellega tagasi koju lennata. Paraku püsib sõiduk õhus ainult natuke aega, millele järgneb hädamaandumine Aafrika südames. Seal kohtavad nad esmakordselt elus liigikaaslasi ning tutvuvad oma juurtega.
Teaduslik ekspeditsioon liitub võimsa ravimifirma rühmaga, et otsida haruldane must orhidee, mis õitseb Borneo saare sügavas džunglis. Huvi selle lille vastu on tingitud asjaolust, et see sisaldab võimsat ainet, mis hoiab igavese nooruse saladusi, isegi surematust. Kuid nad avastavad peagi, et orhideed kasutavad hiiglaslikud maod, et suurendada selle suurust ja elujõudu.