‘카오루’의 죽음 이후 공황 상태에 빠진 ‘신지’. 한편, 네르프 총사령관 ‘겐도’는 ‘서드 임팩트’ 즉, ‘인류보완계획’을 놓고 ‘제레’와 갈등을 벌인다. 이에 ‘제레’는 양산형 에바를 투입해 네르프 본부와 에바 파일럿들을 향해 총공격을 감행하고 맹공에 혼수 상태였던 ‘아스카’까지 완전히 폭주한다. ‘신지’는 ‘미사토’의 도움으로 겨우 초호기에 오르지만, 인류의 운명을 결정해야 하는 상황에 한계에 부딪히게 되는데…

샌프란시스코에 내리는 비에 섞여 외계 식물의 씨가 떨어지고, 이 씨들이 분홍색의 예쁜 꽃을 피우는 꽃식물로 자라나 사람들의 몸을 복제하기 시작한다. 이 외계식물은 사람이 잠든 사이에 그 몸은 물론 정신과 기억까지 완전하게 복제하여, 복제 당한 사람과 똑같이 생겼으나 사실은 전혀 다른 존재인 복제인을 만들어낸다. 샌프란시스코 공중위생부에 근무하는 엘리자베스도 퇴근 길에 그 꽃 한 송이를 따들고 들어와 침실 꽃병에 꽂은 것이 화근이 되어 그날밤 그녀의 남편 제프리가 복제 당한다.

온 세상을 집어삼킨 대지진, 그리고 하루아침에 폐허가 된 서울. 모든 것이 무너졌지만 오직 황궁 아파트만은 그대로다. 소문을 들은 외부 생존자들이 황궁 아파트로 몰려들자 위협을 느끼기 시작하는 입주민들. 생존을 위해 하나가 된 그들은 새로운 주민 대표 '영탁'을 중심으로 외부인의 출입을 철저히 막아선 채 아파트 주민만을 위한 새로운 규칙을 만든다. 덕분에 지옥 같은 바깥 세상과 달리 주민들에겐 더 없이 안전하고 평화로운 유토피아 황궁 아파트. 하지만 끝이 없는 생존의 위기 속 그들 사이에서도 예상치 못한 갈등이 시작되는데...! 살아남은 자들의 생존 규칙. 따르거나, 떠나거나.

무대는 핵전쟁이 끝난 이후의 호주, 세계는 방사능에 오염되어 있고, 그속에서도 인간의 애증과 갈등의 관계들은 여전하다. 그 중 가장 인상적인 대목이 바로 어딘가에서 발신되는 모르스 신호를 추적해 가는 미해군 잠수함 승무원들의 모습이다. 그 신호는 분명히 방사능으로 전멸해버린 도시에서 나오고 있다. 혹시 그곳에 생존자가 있어서 그 신호를 발신하고 있다면, 인류의 생존가능성을 찾을 수 있으리라는 마지막 기대를 가지고 그들은 출항한다. 방사능을 피해서 잠수 상태로 항해하여 육중한 보호복을 입고서 그들이 도달한 곳에는 사람의 흔적은 없고 모르스 발신기에 무언가가 걸려서 바람에 흔들리며 불규칙적인 신호를 내고 있었다. 텅빈 대도시에서 느껴지는 그 엄청난 무게의 절망감. 그 이상의 메시지가 어디 있을까? 라스트 씬은 어떤가? 잠수함의 승무원들은 모여서 논란을 벌인 끝에 결정을 내린다. 어차피 죽을거라면, 사랑하는 가족들이 숨진 고향에 가서 죽겠노라고. 그 '고향'을 향해 잠수함은 출항을 한다.

궤도를 이탈한 달이 지구를 향해 떨어지기 시작하면서 지구의 중력과 모든 물리적인 법칙이 붕괴된다. 거대한 해일과 지진, 화산폭발, 쓰나미와 이상기후까지 상상조차 불가능했던 모든 재난으로 전 세계는 공포와 혼란에 빠진다. 달과 충돌까지 남은 시간은 단 30일. NASA 연구원 파울러, 전직 우주 비행사 브라이언, 그리고 우주 덕후 KC는 달을 막을 방법을 찾기 위해 마지막 우주선에 오른다.

혜성이 도시를 휩쓸고 지나간 다음 혜성의 빛에 노출된 사람들은 사라지고 반 정도 노출된 사람들은 좀비로 변하게 된다 하지만 집에 머물렀던 사람들은 그대로 살아남게 되고 이 와중에 살아남은 레지나와 사만다 자매는 부모들을 찾기 위하여 동분서주 하게 되고 좀비들의 무지막지한 공격에 쫓기게 되는데...

가까운 미래, 기후변화로 인해 지구에 갖가지 자연재해가 속출한다. 세계 정부 연합은 더 이상의 재난을 예방하기 위해 세계 인공위성 조직망을 통해 날씨를 조종할 수 있는 '더치보이 프로그램'을 개발한다. 하지만 프로그램에 문제가 생기면서 두바이의 쓰나미와 홍콩의 용암 분출, 리우의 혹한, 모스크바의 폭염까지, 세계 곳곳에서 일어날 수 없는 기상이변이 일어나는데...

외계 세력이 지구를 침공한 지 10년 후, 모든 시스템을 점령한 그들은 인간에게 버그를 삽입하여 통제한다. 외계 세력에 협력하며 반란군을 색출하던 특수 경찰 ‘윌리엄 멀리건’은 저항 세력의 리더 ‘라파엘’의 동생 ‘가브리엘’을 감시하던 중 외계 정부를 전복시키려는 대규모 반란의 낌새를 알아채 게 되는데…

여행 도중에 자동차가 부서져 사만다와 코리 두 사람은 작은 마을에 머물게 된다. 마을에는 이라크·잭이라고 불리는 이라크에서 돌아온 전직 병사가 있다. 그는 고독한 생활을 하고 있다. 그곳에서는 아이의 실종 사건이 빈발하고 있었는데 사람들은 이라크·잭을 의심하고 그를 두려워하고 있다. 이라크 잭이 낡은 풍차 탑에 올라가 죽으려 할 때 사만다는 몽유병처럼 밖으로 나와 이라크 잭에게 계시를 한다. "4일 17시간 26분 31초 만에 세계는 끝장이다"라고 말하고 그를 이끈다. 이라크 잭은 구조되고 이때 사만다는 얼굴에는 피가 흐르고, 도깨비 같은 외관인데...

지구의 자전이 서서히 멈추면서 아무 이유도 없이 선택받은 자들은 마야 문명의 고대 유적지에 모이게 된다. 그리고 지구가 멸망하기 직전에 새로운 아기가 태어나면서 지구가 다시 살아난다.