Uma jovem preceptora e duas crianças vivem num velho palacete, sobre o qual paira uma espécie de maldição: o espírito das crianças é possuído pelo de dois seres maléficos que tinham vivido na casa.

Fate/Prototype é uma versão resumida do projecto original do Nasu (criador do anime). Isto é, esta OVA representa a história e personagens que ele ponderou usar no Fate/Stay Night.

Um vírus misterioso atinge uma escola primária de uma pequena cidade, afetando apenas as crianças e transformando-as em ferozes e violentos monstros. Assim, os professores se unem, liderados por um substituto infeliz que cresceu na cidade, percebendo que devem fazer o impensável, se quiserem sobreviver.

Jimmy Cuervo é um jovem menosprezado na sua cidade, que planeia ir-se embora com a sua namorada. Ambos vêem os seus planos interrompidos após serem assassinados pelos Quatro Cavaleiros do Apocalipse, um grupo satânico liderado por Luc Crash e Lola Byrne. Com isso, Jimmy regressa da morte na forma do Corvo e parte em busca de vingança.