Der Hauptcharakter ist ein ungewöhnlich großes und fülliges Kaninchen („Big Buck Bunny“), das sich zu Beginn des Films an Blumen und Schmetterlingen erfreut. Als jedoch das Flughörnchen Frank, das Eichhörnchen Rinky und das Chinchilla Gamera auftauchen, zwei Schmetterlinge töten und das Kaninchen mit Früchten und Nüssen bewerfen, beschließt es, seine Sanftmütigkeit abzulegen und an den Nagetieren Rache zu nehmen. Dazu baut es verschiedene Fallen auf.

B.O.B. und seine monströse Truppe brechen aus der Area 52, einem streng geheimen Regierungsgefängnis, aus. Angeführt vom verrückten Wissenschaftler Dr. Kakerlake und dem Macho Missing Link trickst das Trio General K.O. Putsch aus und startet einen triumphalen Ausbruch ... zumindest beinahe ...

Beim Sezieren einer Leiche muss der Pathologe Andou Mitsuo feststellen, dass er gerade den Körper eines alten Freundes untersucht. Er entdeckt einen Tumor und einen verdächtigen, verschlüsselten Virencode. Andou und sein Kollege Miyashita finden noch weitere Leichen mit dem gleichen Virus. Die Hinweise gehen bis zu einer jungen Frau zurück, die ein tödliches Video in Umlauf gebracht hat.