O Conto de Natal do Mickey é inspirado na história clássica de Charles Dickens, A Christmas Carol. Conta a história de Ebenezer Scrooge, um velho egoísta e avarento que não tinha limites para sua ganância e desprezava sentimentos como amor, amizade e generosidade. Até que, numa véspera de Natal, ele foi visitado pelos Três Espíritos do Natal, que o fizeram compreender qual seria o seu destino final se ele não mudasse suas acções.
Yoji e Kei, um menino e uma menina, vivem em uma cidade em um futuro não muito distante com sua mãe adotiva, Anna. Mas essas crianças aparentemente comuns têm um segredo escondido até mesmo de sua mãe desavisada. Yoji e Kei são os super-heróis defensores de sua cidade! Com um movimento de suas capas, os dois e seu companheiro urso robô, Oscar, protegem os cidadãos de sua cidade com seu maquinário artesanal de alta tecnologia. Mas de que ameaça? E será que nossos pequenos heróis serão capazes de superar a crise que ameaça a serenidade pacífica do dia a dia da cidade?