داستان طومار نینجا درباره یک شمشیرزن بدون استاد و سرگردان به نام کیباگامی جوبی است که به تنهایی سفر می‌کند و به استخدام کسانی که به او به عنوان پاداش طلا و چیزهای با ارزش می‌دهند در می‌آید. در آن زمان ژاپن در بحران به سر می‌برد و بیماری طاعون در حال نابودکردن روستاها بود و حتی خود دولت ژاپن را نیز درگیر کرده بود. جوبی نیز به طور غیرمستقیم درگیر برنامه یک گروه شیطانی به نام ۸ شیطان شد، که هدف آن‌ها تسخیر ژاپن بود.
«لورنزو» (پاتریک)، «مایکل» (پیت)، «جان» (الدارد) و «تامی»، چهار دوست نوجوان ساکن محله ی «هلز کیچن» نیویورک که به طور اتفاقی باعث آسیب دیدن یک پیرمرد شده اند، به دارالتأدیب فرستاده می شوند. نگهبانان دارالتأدیب، از جمله «شان نوکز» (بیکن) آنان را مورد ضرب و شتم و آزار و اذیت قرار می دهند. ۱۳ سال بعد آن ها فرصتی پیدا می کنند تا از این نگهبانان انتقام بگیرند...
سال ۱۹۸۰، رومانی. «گابیتا» (واسیلیو) باردار است و می خواهد به کمک دوستش، «اوتیلیا» (مارینکا) به طور غیر قانونی سقط جنین کند...
وقتی جسد پیشخدمتی به نام «ترزا» (گیدلی) در ایالت واشینگتن پیدا می شود واف بی آی، مأمور ویژه اش، «چستر دزموند» (آیزاک) و همکار جوانش، «سام استنلی» (ساترلند) را برای تحقیق به آن جا می فرستد.
داستان چند دهه عشق و پایداری و سیر یک زن به سوی استقلال. سلی با سختی‌های زیادی در زندگی‌اش روبرو می‌شود، اما در نهایت قدرت و امید فوق العاده‌ای را در پیوندهای ناگسستنی خواهری پیدا می‌کند.