Alex (Denis Levant) è un giovane clochard sul cui corpo, quando giace ubriaco fradicio al centro del boulevard Sébastopol, le auto delle coppie borghesi passano allegramente. Con orrore gli si avvicina Michéle (Binoche), pittrice con un padre colonnello e un fidanzato carogna al quale, un giorno, sparerà. Tra Alex e Michéle, clochard per necessità o per disperazione sul Pont-Neuf chiuso al pubblico per lavori, nasce “l’amour fou”.
Identificato come l'istigatore di Garma, Char viene congedato da Dozle Zabi e inviato per qualche tempo sulla Terra, a Manaus. Qui incontra Lalah Sune, una giovane ragazza in possesso di strani poteri psichici, e la salva dai suoi sfruttatori, portandola infine al sicuro nello spazio con sé quando viene richiamato in servizio. Nel frattempo il dottor Minovsky decide di tradire Zeon per passare alla Federazione, ma l'incontro sulla Luna tra lo scienziato e il ricercatore di punta della Federazione, Tem Ray, è sabotato dai mobile suit di Zeon, che annientano i Guncannon federali e uccidono Minovsky. Tra i piloti di mobile suit figura, tra gli altri, Char. Dopo aver osservato la potenza dei nuovi robot nemici, Tem mette a punto il prototipo di mobile suit denominato "Gundam", i cui progetti vengono trovati dal figlio Amuro nel suo laboratorio sulla colonia di Side 7. Il 3 gennaio 0079, infine, il rinominato Principato di Zeon, dichiara guerra alla Federazione.
Il Team 7 ha l'incarico di scortare un ninja di nome Shibuki, il kage del Villaggio della Cascata. Shibuki, a causa delle circostanze riguardanti la morte del padre, viene considerato un codardo. Il villaggio nascosto possiede una bottiglia d'acqua segreta, chiamata "Acqua dell'Eroe" che conferisce a chiunque la beva un sostanziale, anche se temporaneo, aumento di chakra a scapito dell'accorciamento della propria vita. Alcuni ninja attaccano il villaggio nel tentativo di rubare l'Acqua dell'Eroe ma il Team 7 riesce a fermarli.
Isaac Netero è il presidente della Hunter Association. Decenni fa ha sigillato Jed, un cacciatore che aveva imparato l'uso di On, l'"ombra" oscura di Nen. Gli utenti di Now On sono riapparsi al torneo "Battle Olympia" di Heaven's Arena. Per Netero questa è l'ultima missione: proteggere l'Associazione e il mondo da una minaccia mossa dall'odio e dalla sete di vendetta. E avrà bisogno di tutto l'aiuto possibile per avere successo.
Il famoso ladro illusionista Ladro Kid ruba un prezioso diamante. Conan parte al suo inseguimento, ma dal bagagliaio della macchina del ladro fuoriesce Goemon che tira un fendente e divide in due il suo skateboard. Il giovane detective capisce che Lupin III si è travestito da Kid per mettere in atto il suo piano…
La storia sarà divisa in due parti, una incentrata su Yūsuke Makishima e l'altra su Jinpachi Tōdō. La storia di Makishima spiegherà come è entrato a far parte del club di ciclismo della Sōhoku al primo anno delle superiori, e come è stato deriso dai suoi compagni di scuola più anziani per il suo strano stile nel pedalare la bici. La storia di Tōdō rivelerà come è entrato a far parte della squadra di ciclismo nel secondo anno delle medie, quando un amico l'aveva sfidato a una gara, ma aveva inizialmente rifiutato perché non voleva rovinarsi la sua pettinatura a causa dell'elmetto.
Nello special troviamo un Lupin in giacchetta nera alle prese con il "Tradimento di Jigen". Jigen infatti sta cercando di far fuori Lupin e Goemon, infuriato, non gli perdona il voltafaccia. Assistiamo a una resa dei conti tra Jigen (considerato "il più temibile rivale di sempre"), Lupin e Goemon.