Първата част от житейския път на младия Шан-Чи минава в тежки тренировки, целящи да го превърнат в изкусен наемен убиец, под стриктната опека на баща му – могъщата сенчеста фигура Уену. Когато Шан-Чи научава за престъпната дейност на баща си, той се отказва от обучението си и избягва в Америка, където се опитва да изгради относително нормален живот. Години по-късно обаче миналото му го застига и той отново се оказва въвлечен в зловещия свят на Уену.

Най-ужасният кошмар на всеки родител се превръща в реалност за магната Том Мълън, когато той вижда снимката на отвлечения си син, окован с белезници и с превръзка на очите. За да си върнат детето, Мълън и съпругата му Кейт се съгласяват да платят милиони долари на престъпниците. Но след като размяната приключва неуспешно с градушка от куршуми, Мълън решава да рискува, за да спаси живота на детето си и излиза по националната телевизия с шокиращо предложение. Но то може да му струва брака… и дори живота на детето му.

Някога сплотеното семейство на костенурките е изправено пред изпитания. След победата над злия нинджа Шрьодер, в семейството на костенурките цари разкол. Старият плъх Сплинтер, по съвместителство учител и наставник на бойните рептилии, е обезпокоен от загадъчните събития, които се случват по улиците на Ню Йорк. Бързо движещи се сенки, странно подреждане на звездите... Индустриалецът Макс Уинтър събира армия от древни чудовища. Защо? За да завладее света, естествено. Градът се нуждае от костенурките както никога досега, но къде са те??? Леонардо е заминал на специално обучение и костенурките са загубени... Но дори и така те могат да възстановят единството и дисциплината си навреме, за Aда се преборят със свръхестествения враг...

Бивш агент на ЦРУ се оказва във влак, отвлечен от луд военен, мечтаещ да завладее света.