סקובי וחבריו נוסעים לאתר חפירות במצרים כדי לעזור לוולמה. במחנה החפירות, מתגלה הכתובת על הקיר במצרית עתיקה: "צבא המתים יהרוג את מי שייכנס". תחילה, החבורה לא מאמינה ורואה בזה קשקוש - אך בהמשך מסתבר שיש דברים בגו, ושצבא של מתים מהלכים באמת תוקף את המקום.

שאגי והכלבים מתקבלים לעבודה כמורי ספורט בבית ספר יסודי אך בפועל מוצאים את עצמם עובדים בבית ספר לילדיהם של מפלצות אמיתיות מפורסמות.

המדבר המצרי 1923. ריק אוקונל, הרפתקן אמריקני נועז המשרת בלגיון הזרים הצרפתי, חושף במקרה את הריסות עיר המתים הפרעונית אמונאפטרה. אוולין, ספרנית המומחית לתרבות מצרים, ואחיה ג'ונתן, משכנעים את ריק שיוביל אותם לעיר האגדית, שם טמון עושר עצום, שיסייע לפענוח חידות רבות. אך במקום שורצת קללה עתיקה - כשכוהן הדת אימהוטפ התאהב בפילגשו של פרעה, הטילו עליו הרשויות קללה מחרידה: גופו החנוט יישאר בחיים לנצח ויסבול עינויים נוראיים. חבורת ההרפתקנים מגיעה לעיר המתים, שם מגיח אימהוטפ מקברו ומתחיל להטיל הרס עליהם.

דרקולה חוצה את האוקיינוס מטרנסילבניה לפסאדינה כדי לשים את ידו על תמצית הטוב, שמופיעה בצורה של קריסטל. לשם כך הוא מגייס את שאר המפלצות: זו של פרנקנשטיין, המומיה, איש הזאב והמפלצת מהלגונה השחורה - על מנת למגר את החיובי ולאפשר את שלטון האופל על היקום.

עשר שנים עברו מאז מפגשם המחריד של ריק ואוולין אוקונ'ול עם הכהן החנוט בן ה-3000 שנה, אימהוטפ. השניים נשואים והורים לילד בן 8. במרחק מה מביתם של האוקונולים, נשתלו זרעיו של סיוט נוסף, שמקורו בטקסים האפלים ביותר של המיסטיקה המצרית. לפני מעל 5000 שנה לוחם הנודע כמלך העקרב, עשה הסכם עם האל אנוביס, אך כשזה בגד באל, הטיל עליו האל קללה נצחית. ועכשיו הגיע זמנו של מלך העקרב להתעורר מתרדמתו, ולהעיר אתו את צבאו של אנוביס, על מנת למחוק את האנושות מעל כדור הארץ. בינתיים במוזיאון בלונדון מקימים לתחייה את גופתו של המומיה אימהוטפ שנחוש בדעתו לנקום ולזכות בחיי נצח. מה יקרה כאשר שני כוחות אלו יפגשו?

החוקר הנודע, ריק אוקונ'ל, חוזר להרפתקה נוספת בסדרת סרטי "המומיה". במהלך מסע חפירות ברחבי סין, ריק מעיר בטעות את הקיסר חאן ועשרת אלפים לוחמיו מתרדמת של אלפי שנים. אם לא יימצא פתרון מהיר, הקיסר ישמיד את כל מה שבדרך שלו וישתלט על סין וכל מה שסביבה. למזלו של ריק הפעם הוא לא לבד, אישתו ובנו נמצאים איתו ויכולים לעזור לו להחזיר את הקיסר למערת הקבר שלו.

במצרים העתיקה, איזיס ואוזיריס שלטו בארץ. כולם היו מאושרים לבני הזוג, למעט אחד, סת', גבר קנאי שהרג את אוזיריס על מנת להשתלט על ממלכתו. איזיס התגנבה לתוך קברו של אוזיריס וניסתה להחזירו מן מן המתים באמצעות קסמה המיוחד והשחור. סת' תפס את איזיס בשעת מעשה וחתך את אוזיריס לחתיכות, וכל חתיכה נקברה במקום אחר, כך שאיזיס לא תוכל להשיב את בעלה. איזיס נשבעה לנקום את מותו של אוזיריס ולחזור איתו לשלוט על כל העולם. כעת שישה סטודנטים במכללה קייל, דסטין, פליסיה, ג'יי, סרינה ואיימי לוקחים את הקורס האחרון בארכיאולוגיה ובציפייה לסיום הלימודים. המשימה האחרונה שלהם היא לחשוף ולתעד את הרכישות החדשות של המוזיאון ביחד עם המורה שלהם, פרופסור שילדס ואגיפטולוג בעל שם עולמי ד"ר נאצר. במהלך הלילה הם מעירים את רוחה והנשמה האבודה של איזיס והיא מתחילה לשחרר את כעסה בקבוצה. בשעה שהתלמידים מתחילים להיעלם בזה אחר זה, הם חייבים להתאחד בכדי להפסיק את תחייתה של איזיס כך שלא תצליח להחזיר את אוזיריס וצבאו לחיים ולמנוע נקמה בעולם.