지구에서 활동을 멈춘 디셉티콘이 3년 만에 활동을 시작했다. 오토봇들은 우연히 자신들의 정체를 알게 된 세 명의 인간 아이들을 보호하면서, 디셉티콘으로부터 지구를 지키기 위해 싸워 나간다. 한편 악의 에너존을 가지고 지구로 돌아온 메가트론은 악의 에너존으로 사이버트론의 죽은 트랜스포머들을 되살려 지구를 정복할 계획을 꾸민다. 오토봇들은 사이버트론으로 통하는 스페이스 브리지를 파괴하여 계획을 저지하고, 메가트론은 폭발에 휘말려 실종된다. 메가트론이 사라진 후 디셉티콘의 새로운 지도자가 된 스타스크림은 오토봇을 없애기 위해 힘을 모으며 여러 가지 시도를 하지만 실패로 끝난다. 결국 악의 에너존의 힘으로 죽음을 피한 메가트론이 오토봇 범블비를 이용해서 의식을 되찾고 다시 디셉티콘을 이끌게 되면서 스타스크림은 권력을 잃고 디셉티콘을 떠난다. 오토봇들은 디셉티콘 외에도 트랜스포머들의 기술을 노리는 인간 집단인 M.E.C.H.와도 대립하게 된다. 오토봇과 디셉티콘, 그리고 M.E.C.H. 사이의 싸움이 계속되는 가운데 사이버트론의 전설에 나오는 악의 화신인 유니크론이 깨어나자 오토봇들은 메가트론과 힘을 합쳐 유니크론의 부활을 막는다. 하지만 유니크론을 막기 위해 매트릭스를 사용한 옵티머스 프라임은 기억을 잃어버리고, 메가트론은 그를 디셉티콘 전함으로 데려간다.

크리스마스를 앞두고 리는 보석점에서 팔찌를 훔치다 체포된다. 담당 검사 존은 체포 이력이 있는 리를 기소하기로 한다. 그러나 크리스마스 분위기에 휩쓸려 배심원들이 관대한 판결을 내릴 게 분명하므로 존은 재판을 미루기로 한다. 리는 크리스마스를 감옥에서 보내야 한다는 사실에 불만을 제기하는데, 안쓰럽게 여긴 존은 일단 리를 보석으로 풀어 준다. 하지만 리는 갈 곳이 없었고, 가족을 만나러 가던 존은 리를 데려간다. 화목한 존의 가족들 사이에서 리는 따뜻함을 느끼고, 그러는 사이 존과 리는 서로에게 이끌린다. 스터지스의 각본을 라이슨이 연출한 로맨틱 코미디. 같은 해 스터지스가 데뷔작을 내놓으면서 스터지스의 각본을 다른 감독이 연출한 마지막 작품이 되었다.

지중해 최고의 휴양지 이탈리아 풀리아로 가슴 설레는 휴가를 떠난 테일러. 언니의 깜짝 결혼 발표에 놀라지만, 더 놀라운 사실은 언니의 약혼자가 3년 전 자신이 사랑에 빠졌던 라프. 여전히 라프를 사랑하고 있는 테일러는 언니를 위해 자신과의 관계를 비밀로 해 줄 것을 라프에게 당부하지만, 애틋한 감정을 정리하지 못한 둘의 미묘한 관계는 예상하지 못한 결과를 가져오는데…