V filmu, posnetem po resničnih dogodkih, sledimo ustvarjalcu stripov Robertu (Gyllenhaal), ki v svojem delu za časopis ne vidi pravega izziva. Sprememba nastopi, ko se v mestu pojavi skrivnostni morilec, ki pri vsaki žrtvi pusti nenavadno sporočilo, ki ga nihče ne more razvozlati. Toda Robert je že od nekdaj reševal podobne uganke, zato razreši šifro in kmalu postane povsem obseden s primerom, nad čemer policija ni navdušena, še manj pa njegova partnerica. Robertu postane jasno, da ne gre zgolj za zabavno igro, ko Zodiak, kot se morilec poimenuje, z njim vzpostavi neposreden stik.
Zakaj ga zasledujejo najeti morilci? Kdaj se je izuril v borilnih veščinah in kako je mogoče, da tekoče govori več jezikov? Odgovori na ta vprašanja vam ne bodo dali miru in vas bodo osupnili v sijajnih akcijskih prizorih na čudovitih evropskih prizoriščih. Njegova edina sled o lastni identiteti je bančni račun na kapsuli, vsajeni pod kožo. V sefu banke sredi Zuricha najde denar, orožje in osebne dokumente. Potem ko ga na ameriškem konzulatu preganjajo varnostniki, Bourne ugotovi, da ne more zaupati nikomur. Nemški ciganki po imenu Marie (Franka Potente) ponudi 10 000 dolarjev za prevoz do Pariza. Na poti sreča še več poklicnih morilcev, ki mu strežejo po življenju, medtem pa se prepriča o lastni spretnosti v borilnih veščinah, bojevanju in znanju jezikov – priročne veščine, ki kažejo na njegovo vohunsko preteklost in morilsko izurjenost – ampak za koga je delal? Z Mariejino neprostovoljno pomočjo se Bourne dokoplje bližje resnici, ki jo skušajo agenti CIE za vsako ceno utišati.
Pred dvema letoma je Jason Bourne odkorakal v neznano in pustil preteklost za sabo. Zdaj pa se preteklost vrača. Bourne in Marie sta uspela živeti neopazno, nevpadljivo, izven vsakega sistema. Selila sta se iz kraja v kraj, da bi bila neprestano korak pred morebitno grožnjo, ki jo Jason Bourne, stalno pod vtisom raztrganih in nerazložljivih nočnih mor, vidi v pogledu vsakega neznanca, v vsakem telefonskem klicu, ki se konča z "Oprostite, napačna številka." Ko se v zaspani indijski vasici, kjer sta si spet za nekaj časa ustvarila dom, pojavi neznani agent, jima ne preostane drugega, kot da zbežita. Žal jima ne uspe. Bourne se mora posloviti od mrtve Marie. Prišel je čas, da izpolni obljubo. Nekdanjim nadrejenim je obljubil, da jih bo našel in obračunal z njimi, če ju ne pustijo na miru. Morali bi ga poslušati.
Graham Hess je protestantski pastor, ki živi z dvema otrokoma in bratom Merrill, nekdanjim zvezdnikom bejzbola, ki dela na bencinski črpalki. Po smrti žene v prometni nesreči Graham izgubi vero in posledično opusti svoje župljane. Nekega jutra, ko se zbudi in ugotovi, da so njegovi otroci ohlajajoče odkritje na poljih, ki obdajajo njegovo kmetijo.
Bistri 11-letnik Mark Sway je pameten in nekoliko problematičen deček, ki odrašča z grobo mamo Diane in senzibilnim mlajšim bratom Rickyjem. Nekega dne, ko se z bratom igra v gozdu, sreča mafijaškega odvetnika Jeromea Clifforda, ki ima na dvorišču skrito truplo umorjenega senatorja Boyda Boyetta in je odločen storiti samomor.