Mutanti turpina cīņu pret sabiedrību, kurai viņi neuzticas. Stāvoklis kļūst vēl grūtāks, kad viņiem uzbrūk nezināms, ar īpašām spējām apveltīts pretinieks. Negaidītais uzbrukums kļūst par iemeslu politiskajam un sabiedrības spiedienam ieviest mutantu reģistrāciju, kā arī rada pretmutantu kustību, ko vada Viljams Straikers - bijušais armijnieks, kurš, kā mēļo, veicis eksperimentus ar mutantiem.
Vampīru kopienā - The Reaper - ir notikusi reta mutācija. Vampīrs, kas tik ļoti patērēts ar negausīgu asinsspiedienu, ka viņi upurē vampīriem, kā arī cilvēkiem, pārvēršot upurus, kuri ir pietiekami neveiksmīgi, lai izdzīvotu, par Reapers. Vampīru tauta lūdz asmeni pēc viņa palīdzības murgainā mēra novēršanā, kas iznīcinātu gan cilvēkus, gan vampīrus.
Profesoram Čārlzam Ksavjēram un X-cilvēkiem būs jācīnās ar evolūciju. Viņi nolēmuši atdzīvināt savu draugu Džīnu Greju. Tikai vēlāk viņi uzzina šausminošu noslēpumu - viņa augšāmcēlsies kā Tumšais Fēnikss un radīs draudus ne tikai sev, bet arī visiem mutantiem un cilvēcei. Bet, atrodot līdzekļus mutācijas novēršanai, sākas izšķirošā cīņa starp X-cilvēkiem, mutantu brālību un cilvēci.