توماس ای. اندرسون مردی است که زندگی دوگانه‌ای دارد. در روز او یک برنامه نویس یک شرکت نرم افزاری است و شب‌ها هکری تحت عنوان نئو. نئو همیشه به دنبال فهمیدن حقیقت زندگی‌اش بوده است، اما حقیقت خارج از تصور اوست. او با یک هکر افسانه‌ای بنام مورفیوس که توسط دولت بعنوان تروریست شناخته شده، ارتباط برقرار می کند، و به همین خاطر تحت تعقیب پلیس قرار می گیرد. مورفیوس نئو را در دنیای واقعی بیدار می کند، یک سرزمین بایر و ویران، جایی که ذهن اکثر انسان‌ها توسط گونه‌ای از ماشین‌ها، در ماتریکس اسیر شده است. اکنون نئو باید بعنوان یک شورشی در دنیای ماشین‌ها به ماتریکس بازگردد و با مامورها مقابله کند، ابر برنامه‌های قدرتمند کامپیوتری ای که وظیفه دارند نئو و تمام شورش انسانی را سرکوب کنند.
سی سال پس از جنگ جهانی سوم حالا دیگر توکیو به یک شهر بسیار بزرگ و صنعتی تبدیل شده که هیچ آرامشی در آن وجود ندارد، همچنین گروه‌های خلافکاری که شب و روز در حال جنگ با یکدیگرند و اعتراضات شدید مردم نا امنی در این شهر را چندین برابر کرده‌است.یکی از گروه‌های موتورسوار و خلافکار این شهر دسته ای از دانش آموزان هنرستانی، به ریاست کانداست. یکی از دوستان صمیمی کاندا تتسوهو نام دارد که ضعیف‌ترین عضو گروه است و این کانداست که همیشه هوای او را دارد ولی تتسوهو همیشه نسبت به موتور و توانایی‌های کاندا در مبارزه حسادت میکند.علت وقوع جنگ جهانی سوم به کودکی به نام آکیرا بازمی‌گردد، آکیرا و سه کودک دیگر وجود داشتند که در گذشته به خاطر توانایی‌های خاصی که داشتند دولت آنها را جمع‌آوری کرده بود ولی آکیرا قدرتی بسیار فراتر از همه آنها داشت و وقتی از کنترل خارج شد جنگ جهانی سوم آغاز شد. پس از جنگ آکیرا را در محفظه دور از دسترس همگان قرار دادند و از آن سه کودک دیگر تحد تدابیر امنیتی شدید نگهداری کردند تا وقتی که سی سال بعد یکی از آن هلا اقدام به فرار کرد
جان صبح در يک هتل ناشناس و عجيب تنها از خواب بر می خيزد. او حافظه اش را از دست داده و پليس نيز بخاطر يکسری جنايت که او هيچ چيزی در موردشان به ياد نمی آورد، در تعقيب اوست. زماني که او می کوشد تا گذشته اش را بخاطر آورد وارد يک دنيای زير زمينی می شود که توسط يکسری موجودات بسيار قدرتمند که به بيگانه مشهور هستند کنترل می شود. اين بيگانه ها دارای اين قدرت هستند که افراد را به خواب ببرند و شهر و اهالی آن را دچار تغيير کنند. اکنون جان بايستی راهی را برای متوقف کردن آنها قبل از اينکه کنترل ذهن وی را بدست گرفته و او را نابود کنند، پيدا کند.
یک سایبورگ که مدت ها غیرفعال شده بود بار دیگر به زندگی باز میگردد ولی چیزی از گذشته به یاد ندارد و تصمیم میگیرد که دریابد در گذشته چه اتفاقاتی برایش افتاده است.
نئو و رهبران شورش تخمین میزنند که حدود ۷۲ ساعت تا حمله ۲۵۰ هزار ماشین به صهیون، وقت دارند. در همین زمان نئو باید تصمیم بگیرد که چگونه ترینیتی را از سرنوشت تاریکی که در رویا برایش دیده، نجات دهد.
صهیون، شهر انسان‌ها در مقابل حملات بی امان ماشین‌ها مقاومت می کند، در حالی که نئو در میدانی دیگر، برای خاتمه دادن به این نبرد، با مامور اسمیت سرکش می جنگد.
یک متصدی لال در برابر گانگسترهای شهرش ایستادگی میکند تا بفهمد چه اتفاقی برای همسر گمشده اش افتاده است ...