Filmen skildrer livet til filmskaperen og luftfartspioneren Howard Hughes fra 1927 til 1947, i en periode hvor han var en vellykket filmprodusent og en luftfartmagnat, men samtidig ble mer ustabil på grunn av en alvorlig langvarig tvangssykdom.

For løytnant Pete "Maverick" Mitchell og hans venn og Co-Pilot Nick 'Goose' Bradshaw som kommer inn på et elite treningskurs for kamp-piloter, har en drøm gått i oppfyllelse. Men en tragedie, og personlige problemer, truer Petes drømmer om å bli topp-pilot.

En søvnig søndag morgen mens barn lekte og familier var i kirken suste skvadroner av japanske krigsfly over himmelen på Hawaii og angrep den amerikanske flåtebasen Pearl Harbor. Filmen fokuserer på disse hendelsene som forandret livet til mange, og krigens ødeleggende virkning på to unge dristige piloter Rafe og Danny og en vakker sykepleier Evelyn. Rafe og Danny er to venner som har vokst opp som brødre, og som nå er kampflygere i det amerikanske flyvåpenet. Rafe treffer sykepleieren Evelyn som han blir forelsket i. Men idet forholdet deres får luft under vingene, melder Rafe seg frivillig til det britiske flyvåpenet for å kjempe mot Tyskland og Evelyn forflyttes til flåtebasen Pearl Harbor på Hawaii.