عندما استأجرت الحكومة الدكتور إنديانا جونز - الأستاذ الملائم للتويد والذي صادف أنه عالم آثار مشهور - لتحديد موقع تابوت العهد الأسطوري ، وجد نفسه في مواجهة النظام النازي بأكمله.

بعد وصوله إلى الهند ، طلبت قرية يائسة من إنديانا جونز العثور على حجر صوفي. يوافق - ويعثر على عبادة سرية تخطط لخطة مروعة في سراديب الموتى في قصر قديم.

يتبع محتالان إسبانيان مسارًا على خريطة يقودهما إلى مدينة الذهب الأسطورية في العالم الجديد، فيظن الجميع أنهما من الآلهة… وسرعان ما يواجهان موقفًا لا يُحسدان عليه.

تدور أحداث الفيلم حول شاب مغامر يدعى (ميلو) ينضم لفريق من المستكشفين الجريئين يحاولون العثور على قارة أطلانتس المفقودة.

في عام 1957، يتصارع (إنديانا)، الذي أصبح أكبر سنًا وأكثر حكمةً، مع عملاء الإتحاد السوفيتي الذين يقودهم (سبالكو) من أجل الحصول على الجمجمة البلورية، وتقود المغامرات (جونز) إلى أمريكا اللاتينية والجنوبية، ابتداءً من مدينة نيو مكسيكو، ثم كونيكتكت، والعاصمة المكسيكية ميكسيكو سيتي، وأدغال بيرو.

في عالم القراصنة، تحاول القرصانة (مورجان)، ورفيقها القرصان (ويليام شو) استعادة الأجزاء الثلاثة لخريطة كنز غير مسبوق، لكن لسوء الحظ يكون الجزء الأخير في يد عمها القاتل (داوج)، ومع تذمر طاقم سفينتها من قيادة امرأة لهم، وسعيهم إلى الاتحاد ضدها، إذا لم تسرع في العثور على الكنز، بالإضافة إلى محاولة البحرية البريطانية إنهاء غارات القراصنة، يضعها في تحديات كبيرة.