يدرك أحد قراصنة الكمبيوتر أن ما يعتبره معظم الناس واقعًا هو في الحقيقة محاكاة يتم إنشاؤها بواسطة آلات، فينضم إلى المتمردين ليتحرر.
مرت ما يقرب من 10 سنوات منذ أن تم استهداف سارة كونور من قبل سايبورغ من المستقبل. الآن ابنها ، جون ، القائد المستقبلي للمقاومة ، هو هدف لمنهي جديد أكثر فتكًا. مرة أخرى ، تمكنت المقاومة من إعادة حاميها في محاولة لإنقاذ جون ووالدته سارة.
في عالم تقتصر فيه العائلات على طفل واحد بسبب الاكتظاظ السكاني ، يجب أن تتجنب مجموعة من التوائم المتشابهة أن تنام طويلًا من قبل الحكومة والاقتتال الداخلي الخطير أثناء التحقيق في اختفاء أحدهم.
يصبح (نيو) آخر آمال البشر، فهو الوحيد القادر على فعل المعجزات، ويحاول (نيو) أن ينقذ مدينة زيون التي سوف تقع قريبًا تحت حصار الآلات. يضع الجميع بقيادة (مورفيوس) ثقتهم الكاملة في (نيو)، ويعلقون عليه الآمال بإنهاء الحرب مع الآلات، لا سيما وهم مؤمنون بالنبوءة التي تتوقع نجاحه. يقرر (نيو) وحبيبته (ترينتي) مرافقة (مورفيوس) إلى الماتريكس لمحاولة الوصول إلى قلب النظام عن طريق صانع المفاتيح. في الوقت ذاته ينجو العميل (سميث) من الإلغاء، ويصبح أكثر قوة عن ذي قبل، ويضع نصب عينه هدفًا أساسيًا هو ملاحقة (نيو).
يكتشف نيو (كيانو ريفز) أنه بطريقة ما قادر على استخدام قوته في العالم الحقيقي، وأن عقله باستطاعته التحرر من جسده؛ ولذلك يجد نفسه إذ فجاة محاصرًا في محطة قطار ما بين العالم الحقيقي والماتركس. في أثناء كل هذا تستعد زيون (ريني ناوفاهو) لحرب شعواء ضد الماكينات رغم صعوبة فوز زيون بتلك الحرب. وبين هذا وذاك لا يعلم كلا الطرفين أن هناك طرفًا ثالثًا يسعى للقضاء على العالم كله.
أصبح جون كونور في العشرينات من العمر، الآن تسعى مدمرة أنثى تدعى تي – إكس أو "تريميناتركس" لقتله، بعدها يتم إرسال مدمر من طراز تي - 800 مرة أخرى عبر الزمن لحماية جون كونور، في الوقت الذي تكون فيه الآلات على وشك النهوض.
تدور الأحداث في عالم مستقبلي حيث يعيش البشر في عزلة ويتفاعلون من خلال الروبوتات البديلة ، يضطر شرطي إلى مغادرة منزله لأول مرة منذ سنوات من أجل التحقيق في مقتل بدائل آخرين.
يحاول النظام الفرنسي في المستقبل انتشال شعبه من اليأس ومنعه من التمرّد على الفقر المدقع من خلال إشراكهم في برنامج سباقات تلفزيوني عنيف!
تدور أحداث الفيلم في سنة 2018، عندما تصبح ماكينات (سكاي نت) مهيمنة على العالم، والأمل الأخير لإنقاذ البشرية هو (جون كونر)، حيث يرافق (جون) مسجون من الماضي اسمه (ماركوس ريت)، ويحاولا وقف (سكاي نت) قبل أن تدمر ما تبقى من الإنسانية.
في لعبة العقل والتحكم في المستقبل، يتم اجبار المدانين والمحكوم عليهم بالإعدام بالاشتراك في معركة (الدوم)، "كابل" المدان والذي يسيطر عليه "سيمون" وهو لاعب ماهر في سن المراهقة، عليه البقاء على قيد الحياة 30 دورة من أجل أن يكون حرًا.