自らスター・ロードと名乗るトレジャーハンターのピーター・クイル。ピーターは無限の力を持つパワーストーンのオーブを入手するものの、その後逮捕され刑務所にぶち込まれてしまう。ピーターは天才メカニックのロケットら刑務所で出会った仲間と脱獄するも、オーブの力で宇宙を滅亡させようとする強大な悪と戦うこととなる。
未来のサンフランソウキョウに住む14歳の少年ヒロ・ハマダは天才少年だが、その才能を非合法のロボット・ファイトに利用するという自堕落な生活を送っていた。そんな弟を見かねた兄のタダシは、彼を自身の所属する工科大学へ連れていく。タダシの友人である「科学オタク」たちの手がけた数々の発明品や、兄の開発した白くて風船の様な見た目のケアロボット「ベイマックス」を目にし刺激を受けたヒロは、科学の夢を追究したいと飛び級入学を決意する。
アベンジャーズのメンバーとして戦ってから2年、キャプテン・アメリカはS.H.I.E.L.D.の一員として活動していた。ある日、キャプテン・アメリカとブラック・ウィドウを世界屈指の暗殺者ウィンター・ソルジャーが襲撃。さらにウィンター・ソルジャーの正体は、キャプテン・アメリカの親友で第2次世界大戦で亡くなったバッキー・バーンズで……。
近未来の地球。侵略者の激しい攻撃に、人類の軍事力ではもはや太刀打ちできなくなっていた。対侵略者の任務に就いたウィリアム・ケイジ少佐は、戦闘によって亡くなる。しかし、タイムループの世界にとらわれ、戦闘と死を繰り返す。そんな中、特殊部隊の軍人リタ・ヴラタスキと出会ったケイジは、彼女と一緒に何度も戦闘と死を繰り返しながら戦闘技術を向上させる。
ウェイド・ウィルソンは、以前は優秀な特殊部隊の傭兵として活躍していたが、今は悪者を気まぐれに痛めつけては金を稼いでいる。すっかり正義のヒーロー気取りの彼は恋人との結婚も決まり幸福の絶頂にあったが、いきなり末期ガンだと診断される。とある組織にガンを根治できると聞いたウェイドは、彼らに同行して人体実験を受ける。
アベンジャーズのリーダーとなった、キャプテン・アメリカ。しかし、彼らが世界各地で繰り広げた戦いが甚大な被害を及ぼしたことが問題になる。さらに、それを回避するためにアベンジャーズは国際的政府組織の管理下に置かれ、活動を制限されることに。アイアンマンことトニー・スタークはこの処置に賛成するが、自発的に平和を守るべきだと考えるキャプテン・アメリカはそんな彼に反発。二人のにらみ合いが激化していく中、世界を震撼させるテロ事件が起きてしまう。
エメットは、真面目を絵に描いたような性格で見た目は至って普通という、どこを取っても平均的なLEGO(R)のミニフィギュア。にもかかわらず、どういうわけか人知を超えた能力を誇り、世界を救う鍵となる人物だと周囲から勘違いされてしまう。困惑する中、謎めいたグループのメンバーに迎え入れられた上に、バットマンやスーパーマンも入り乱れる巨悪退治の冒険に出ることに。救世主やヒーローの自覚もなければ世界を救う覚悟もない彼は、行く先々で大騒動を巻き起こしていく。
国際情勢が緊迫する1960年代、強力なテレパシー能力を持つ青年チャールズが、金属を自在に操れるエリックとめぐり合う。ミュータントとして人類と闘うべきか共存すべきか、異なる信念を抱きながらも友情を深めたふたりは、世界各地のミュータントを仲間に迎え入れていく。しかし戦時中にエリックの母親を殺した元ナチスの科学者ショウが、ミュータント集団“ヘルファイヤークラブ”を結成。やがてショウが悪魔のごとき計画を実行に移したとき、チャールズとエリックはその野望の阻止に挑むが、過酷な運命は彼らの絆を引き裂き、人類との“共存”か“支配”か、という正反対の道へと導いていくのだった……。
とある王国のプリンセス、オーロラ姫の誕生祝賀パーティー。幸せな雰囲気があふれるその会場に、招かれざる邪悪な妖精マレフィセントが出現する。オーロラ姫に永遠の眠りにつく呪いをかけたマレフィセント。それは、なぜなのか。答えは、謎に包まれたマレフィセントの過去にあった。
200X年。人類は新たな「差別法案」の立法化を目指していた。それはDNAの突然変異により超人的なパワーを持つ“進化した人類＝ミュータント”を社会から合法的に迫害するものだった。人類との共存を目指すプロフェッサーX率いるミュータント集団X-MENは、人類の滅亡をもくろみテロ活動を企てるマグニートーたちと全面対決に突入していく！
プロフェッサーX率いる“X-MEN”は、人類抹殺計画を企てたマグニートー一味を倒し、マグニートーを牢獄に幽閉。人間との共存による平和が訪れるかに思われた。しかし、人類のミュータントに対する偏見や嫌悪はやがてX-MENたちにも向けられていく。そんな時、謎のミュータントによる大統領暗殺未遂事件が発生する。これにより、人類はミュータントの脅威に改めて恐れおののき、反ミュータント運動を加速させる結果となる。そして、その運動の先頭には、ミュータントへの生体実験を噂される元陸軍司令官で大富豪のストライカーがいた。
世界が崩壊してから100年後の未来。復興を果たした人類は、16歳で受ける選択の儀式によって人々を軍・警察にあたるドーントレス、政権を運営するアブネゲーション、教育・研究を担うエリュダイトといった五つの共同体に振り分け、そこで人生を全うすることを強制していた。16歳になったトリスも選択の儀式を迎えるが、どの共同体にも適さない異端者（ダイバージェント）と判断されてしまう。異端者は政府に抹殺されるのを知った彼女は、うそをついてドーントレスへと所属する。
スパイダーマンとしてニューヨークの平和を守り、グウェンとの関係も好調なピーター。だが、旧友のハリー・オズボーンがニューヨークに戻ってきたのを機に、充足していた生活が微妙に変化していく。そんな折、サイ型パワードスーツを装着したライノ、人間発電機エレクトロという敵が出現。苦闘を強いられる中、追い打ちをかけるように怪人グリーン・ゴブリンとなったハリーが襲い掛かってくる。
1983年。文明が誕生する前から神として君臨していた、ミュータントの始祖でもあるアポカリプスが、突如として長い眠りから覚醒する。数千年ぶりに目にした人間とその文明が、誤った方向に進んでしまったと考えた彼は新しい秩序が必要だと判断。マグニートーなど、4人のミュータントを率いる。彼の存在と考えを知ったプロフェッサーXは、ミスティークらと共にその行動の阻止に挑む。
時は20年前。ジーン・グレイは、プロフェッサーXに底知れない能力を見出され、それを操るべく「恵まれし者の学園」に彼女の居場所を与えた。 その10年後、とある大企業の社長の息子が思春期を迎え背中に翼が生え始めた。社長、ワージントンは、息子を普通の人間に戻そうとミュータント治療薬「キュア」を作り上げた。果たしてミュータントであることは病気なのか。ミュータント達の蟠りとマグニートーの作為が人類とミュータントの戦争を起こそうとしていた。
カナダで人目を避けるように暮らすウルヴァリンことローガンは、以前命を救ったことのある日本人実業家・矢志田からの願いで、彼の部下ユキオと共に日本へと向かう。不敵なまなざしを向ける矢志田の息子シンゲンに迎えられ、病身の矢志田と再会したローガンは彼から謎めいた言葉を告げられる。ほどなくして亡くなった矢志田の葬儀が執り行われるが、そこをギャングたちが襲撃。ローガンは矢志田の孫娘・マリコを連れ、その混乱から逃げ出す。
1999年。科学者・芹沢博士はフィリピンで巨大生物の化石を発見。同じころ、日本の原発では原子炉が暴走し、科学者ジョー・ブロディは妻サンドラを失ってしまう。それから15年後の2014年。研究機関“モナーク”はフィリピンで見つかった何かの生物の繭を監視してきたが、繭からは新怪物“ムートー”が生まれ、ハワイのオハフ島に向かう。“ムートー”がハワイに到着すると別の巨大生物“ゴジラ”も出現して戦いを始める。
ミュータントとして生まれたローガンは、少年時代にその能力が覚醒し以来、人としての幸せを捨て、幾多の戦争に身を投じて生きてきた。ケイラという女性と出会い、初めて人間として生きる喜びを知るが、ローガンの兄ビクターの手によって彼女は殺されてしまう。兄を倒すため謎の巨大組織と取引したローガンは、最強の戦士となるべく、超金属アダマンチウムを全身の骨に移植する改造手術をうけ、ウルヴァリンという名の人間兵器に生まれ変わる。
特別な能力を持つミュータントたちが人類を守ろうと戦いを続けてきたチーム“X－MEN”。だが、宇宙で起きたある事故を解決するためのミッションで、“X－MEN”の女性メンバー、ジーンは謎の熱放射を浴びた結果、彼女の中で悪の人格“ダーク・フェニックス”が覚醒してしまい、彼女は人類全体を絶滅させかねないほど危険な存在になっていく。“X－MEN”の指導者プロフェッサーXはジーンを窮地から救おうとする。
元オートボット司令官センチネル・プライムとディセプティコン破壊大帝メガトロンが引き起こしたシカゴの惨劇から5年、すでにディセプティコンの大半は駆逐されたものの、オートボットとアメリカ政府の同盟も解消され、オートボット達は姿を消していた。テキサス州でしがない廃品回収業を営む発明家ケイド・イェーガーは仕事で赴いた映画館の中で眠っていたトレーラートラックを見つけ、それを自宅に持ち帰る。さっそくケイドはそのトラックを解体しようとした所、それがトランスフォーマーである事を知る。