2 oktober 1988, een gewone dag in het leven van de verwarde 16-jarige Donnie Darko. Dan valt er vanuit het niets een vliegtuigmotor door het dak van z'n huis, recht in Donnie's kamer.
Virginia, 1971. In het stadje Alexandra draait alles om high school football. Als het schoolbestuur gedwongen wordt om een volledig zwarte en een volledig blanke school samen te voegen, trilt de gemeenschap op haar grondvesten.
Inspecteur Jaime wordt naar het mortuarium geleid tijdens een onderzoek naar een mysterieus ongeluk. Daar ontdekt hij dat het lichaam van een vrouw is verdwenen uit één van de koelcellen. Compleet wanhopig sluiten Jaime en zijn team het mortuarium af en gaan zij op zoek naar bewijsmateriaal.
Hubert Minel haat zijn moeder. Zestien jaar lang zag hij met verachting alleen maar de smerige truien die ze droeg en de broodkruimels in haar mondhoeken, wanneer ze luidruchtig at. Naast deze dingen ziet hij ook nog iets positiefs in haar. Verward door hun relatie met liefde en haat, maakt Hubert een paar puberale dingen mee.
Colter Stevens wordt met een schok wakker in een trein op weg naar Chicago, en heeft geen idee waar hij is. Het laatste wat hij zich herinnert is een helikoptermissie in Irak. Nu zit hij in het lichaam van iemand anders, maar voor hij iets kan doen, vernietigt een bomexplosie het complete treinstel en alle passagiers.
De 14-jarige Walter moet de zomer doorbrengen met twee oude, chagrijnige ooms. Op het eerste gezicht vindt hij ze onaardig, maar dan wordt hij gegrepen door de avontuurlijke verhalen die ze vertellen over hun jeugd.
De film vertelt het verhaal van een aantal jongeren dat hun saaie, gewone leventjes zat wordt. Ze besluiten hun leven te veranderen en beginnen tegen alles en iedereen te rebelleren.
Na een ruzie met z'n vriendin vertelt Rob, eigenaar van een platenzaak, wat z'n top-5 van pijnlijkste "break-ups" is. Tussendoor bespreekt hij z'n problemen met z'n collega's, gaat 'ie op bezoek bij z'n exen en beleeft 'ie ondertussen een nieuwe romance.
Fenton Meeks neemt contact op met de FBI om te melden dat zijn broer Adam misschien de seriemoordenaar is die zichzelf God's Hands noemt. Via flashbacks zien we de jeugd van Meeks met een vader die geloofde dat hij op een missie van God was om de demonen te vernietigen die zich in menselijke lichamen bevonden. Fenton zag zijn vader als een slechte man, terwijl Adam hem als held zag.
Een gezelschap maakt een exclusieve boottocht door de mysterieuze Bermuda Driehoek. Dankzij behoorlijk noodweer wordt hun jacht onbruikbaar en weten ze over te stappen naar een oceaanstomer. De klok blijkt daar stil te staan en Jess heeft het vermoeden er ooit al eens eerder op te hebben gevaren.
Een lid van de jury voor een rechtszaak tegen een wapenfabrikant begint een samenwerking met een mooie vrouw om de rechtszaak te manipuleren. Met miljoenen dollars op het spel moet het mysterieuze jurylid een strijd aangaan met een meedogenloze jury-consultant, die niets in de weg van een uitspraak laat komen.
Publicist Stuart Sheppard belt elke dag vanuit dezelfde telefooncel naar zijn vriendin. Hij kan niet met zijn mobiel bellen, omdat zijn vrouw de telefoonrekeningen doorspit. Als hij net opgehangen heeft, gaat de telefoon opnieuw.
Michael Clayton is een gehaaide advocaat die werkzaam is bij één van de grootste kantoren van New York. Zijn firma houdt zich bezig met de verdediging van megaconcern U/North, dat in de clinch ligt met kleine boeren die een schadeclaim tegen het bedrijf hebben ingediend. Zo goed als Clayton is in zijn werk, zo'n puinhoop is het in zijn privé-leven. Hij is gescheiden, heeft een ingewikkelde relatie met zijn zoontje, is een verwoed pokeraar en heeft problemen met zijn verslaafde broer. Wanneer zijn vriend en collega Arthur, de architect van de verdediging van U/North, paranoïde verdrag gaat vertonen en het proces van U/North begint te saboteren, heeft Clayton er nóg een probleem bij en wordt hij geconfronteerd met zijn geweten en moraal.
Latif Yahia, een luitenant in het Irakese leger gestationeerd aan de Iraanse grens, heeft een buitengewone gelijkenis met de belichaming van het kwaad, Uday Hussein, de gevreesde zoon van Saddam Hussein. Latif wordt naar Saddam Husseins inner sanctum ontboden, waar hij voor een keuze wordt gezet; de dubbelganger van Saddams zoon worden... of sterven.
Brent is een 17-jarige student die nog steeds treurt om het verlies van zijn vader. Hij wordt uitgenodigd voor het schoolfeest door het meeste stille meisje van de hele school, Lola. Maar Brent weigert en hij wordt ontvoerd door Lola en haar vader. Hij zal moeten vechten om de macabere verrassing, die Lola en haar vader voor hem in petto hebben, te overleven.
Tess is een secretaresse die graag hogerop wil. Ze komt te werken voor de succesvolle zakenvrouw Katherine die Tess' goede zakelijke ideeën en inzicht zeer waardeert en haar belooft dat als ze zo doorgaat ze Tess wel wil helpen om carriere te maken. Maar tijdens een skivakantie breekt Katherine haar been, en zo komt Tess erachter Katherine haar ideeën inpikt om zelf met de eer te gaan strijken. Tess besluit dan om zich voor te doen als Katherine, die toch wel even uitgeschakeld is, en de keiharde zakenwereld binnen te dringen met de hulp van zakenman Jack.
Helen is psychiater en gespecialiseerd in het gedrag van seriemoordenaars. Ooit ontsnapte ze aan een moordaanslag waar ze een trauma aan over hield. Nu is er weer een serial killer op pad. Ze ontdekt dat het een copycat is: de moordenaar imiteert bekende psychopaten wiens roem hij nastreeft.
Het verhaal draait om drie generaties van de familie Leonid. Ze leven samen onder de rijke patriarch Aristide. Nadat Aristide door zijn eigen oogmedicijn is vergiftigd, vertelt zijn kleindochter Sophia haar verloofde Charles Hayward dat ze niet kunnen trouwen totdat de moordenaar gevonden is. De vader van Charles, "The Old Man", is assistent commissaris bij Scotland Yard die onderzoek doet van binnen uit. Daarnaast onderzoekt de aangewezen rechercheur Taverner de zaak.
Diana leidt een luxueus leventje in de dure buitenwijken van Miami. Met een oneindig saldo op haar rekening koopt ze alles wat haar hartje begeert. Er is echter één probleem: de rekening staat niet op haar naam. Ze pleegt identiteitsfraude op ene “Sandy Bigelow Patterson,” een simpele accountant die aan de andere kant van Amerika woont. Met maar één week te gaan voordat zijn kleine bedrijf de mist in gaat, moet de échte Sandy Bigelow Patterson naar het Zuiden vertrekken om de vrouw te confronteren die misbruik maakt van zijn persoonlijke gegevens en zijn geld zien terug te krijgen.
Vijf personen worden wakker in een donkere ruimte. Al snel begrijpen ze dat ze opgesloten zitten. In een tweede kamer vinden ze een watervoorraad van een maand, eten is er echter niet te vinden en al snel keren de leden van de groep zich tegen elkaar.