桐生戦兎が創造した新世界では、人体実験を受けた者にだけ旧世界の記憶がよみがえり、記憶がよみがえった者の中から、新世界を「科学の力＝兵器」によって支配しようと企む者がテロリスト集団「ダウンフォール」が生まれる。ダウンフォールの魔の手は戦兎や万丈龍我、そして一海にもおよび、一海が愛する美空が人質にとられてしまう。美空を救うため、一海と彼を支える三羽カラスは反撃を開始するが……。

各国の軍事衛星をオリュンポスの管理下に置く事を議題とした国際会議の開催を控え、デュナン達ESWATはテロリストの鎮圧に従事していたが任務中に彼女を庇ったブリアレオスが負傷した。傷心のデュナンの前に、新たなパートナーとしてブリアレオスの遺伝子から創られた生身の彼と同じ顔の戦闘用バイオロイド・テレウスが現れる。やがて国際会議の開催中に、ウェアラブル・インターフェイスの着用者が突然正気を失い破壊活動を行う事件が頻発する。しかしそれは、さらなる大規模なサイバーテロの予兆に過ぎなかった。

秘密諜報員たちの個人情報漏えいにより、それまで辛酸をなめていたマックスウェル・スマートに、ついに表舞台でテロリスト集団と対決するチャンスが到来する。

世界征服をたくらむ悪の組織“コブラ”に、“ナノマイト”が武器商人デストロの手により脅威の兵器として渡ってしまう。元々はガン細胞破壊のために作られた治療薬だった“ナノマイト”だったが、あらゆるものを破壊してしまう威力を持っていたため、コブラ達がこれを利用しようと企んでいるのだ。そんなコブラを食い止めようとアメリカ政府が送り込んだのは、世界各国から集められた地上最強のエキスパートチーム“G.I.ジョー”であった。

警察の爆弾処理班に所属する夫と4歳の息子と共に、ロンドンで平凡に暮らす若い母親。ある日、新聞記者のジャスパーに声を掛けられた彼女は、欲望のままに関係を持ってしまう。その後二人は再び密会するが、その最中に夫と息子が爆破テロ事件に巻き込まれてしまい…。

ある日、厳重に警備されているはずのスロバキアの研究施設から、強力な殺傷力を誇る生物兵器の入ったケースが盗まれた。犯人は国際的に名高い女泥棒ガリーナ。その頃、NATO工作員のジャックは家族でヨーロッパを旅行中だったが、上司からガリーナとそのケースをドイツまで護送せよとの命令を受け、彼女のもとへと向かった。そして、2人は唯一の脱出ルートである特急列車に潜り込み何とか国境越えに成功する。だが任務が無事完了したと思ったのも束の間、今度は彼女が盗んだ生物兵器を狙って凶悪なテロリスト集団が同じ列車に乗り込んでくるのだった。