1939年、ポーランド南部の都市クラクフにドイツ軍が侵攻した。ドイツ人実業家のオスカー・シンドラーは、一旗揚げようとこの街にやって来た。彼は金にものを言わせて巧みに軍の幹部たちに取り入り、ユダヤ人の所有していた工場を払い下げてもらう。ユダヤ人会計士のイツァーク・シュテルンをパートナーに選んだシンドラーは、軍用ホーロー容器の事業を始める。41年3月、ユダヤ人たちは壁に囲まれたゲットー（居住区）に住むことを義務づけられる。シュテルンの活躍で、ゲットーのユダヤ人たちが無償の労働力として、シンドラーの工場に続々と集められ事業はたちまち軌道に乗る。

ナチスのワルシャワ侵攻を目の当たりにし、死の収容所送りを奇跡的に逃れたシュピルマンは、ゲットーの廃墟に身を隠すことで第二次世界大戦を生き延びる。

第2次大戦末期の1944年6月、ヨーロッパにおいてナチスドイツはロシア東部戦線が膠着状態の中で、米英仏の連合軍がフランス北部に上陸するとの予測が強まり、大西洋岸に地雷や障害物などを埋めて上陸作戦に備えていた。北アフリカから戻ってきた独陸軍B軍団長ロンメル元帥は、イギリスに面した海岸線で地雷の敷設が400万個と聞いて、600万個に増やすよう檄を飛ばしていた。その時ロンメルは「あの水平線の向うに大軍がいる。今か今かと出撃を待っている。しかし一兵たりとも上陸はさせない。あの水際で撃滅させるのだ。上陸する最初の24時間が極めて重要で、その時は連合軍にとっても我々にとっても一番長い日となるだろう。」と語った…

鬼才ポール・バーホーベン監督が、23年ぶりに故郷のオランダでメガホンを取ったサスペンス・ドラマ。1944年、第二次世界大戦時ナチス・ドイツ占領下のオランダ。若く美しいユダヤ人歌手ラヘルは、ドイツ軍から解放されたオランダ南部へ家族とともに逃げようとするが、何者かの裏切りによって家族をナチスに殺されてしまう。復讐のために名前をエリスと変え、ブルネットの髪をブロンドに染め、レジスタンスに身を投じる。そしてナチス内部の情報を探るため、ナチス将校ムンツェに近づき、彼の愛人となることに成功するが…。果たして真の裏切り者は誰なのか？すべての鍵を握る“ブラックブック”とは？

第２次大戦末期のイタリア。空襲で破壊された修道院でカナダ人看護師ハナは、ある患者の世話をしている。重い火傷で英語を話すが自分の名は思い出せない。英陸軍工作兵のキップ、カナダ軍諜報部隊のデヴィッド・カラヴァッジョと共に修道院で一緒になった４人。カラヴァッジョは患者に問いかけ、患者は徐々に記憶を取り戻す。

司法試験浪人の健太郎は、結果を出せないことで進路に疑問を抱き始めていた。そんなとき、彼は今の祖父とは血のつながりがなく、宮部久蔵という血縁上の祖父が太平洋戦争末期に特攻で命を落としていた事実を知る。そのときの祖父が自分と同じ26歳だったと聞き、健太郎は祖父の人生をたどり始める。だが当時の祖父を知る人々は、宮部は天才的なパイロットながら、生還に執着する臆病者、卑怯者だったと口をそろえて非難するのだった。

離婚間近のウィルは幼い娘マーヤから妻とのなれそめを聞かれる。しぶしぶ応じたウィルは３人の女性について仮名で話をする代わりに、その３人のうち誰が自分の母親なのかを当てさせることにした。３人の女性は、学生時代からの恋人エミリー、クリントン選挙事務所で同僚だったエイプリル、そしてエミリーの親友でライターのサマー。複雑に絡み合うウィルの恋愛遍歴の果てにマーヤの母親は誰なのか、マーヤはウィルの話を聞けば聞くほど分からなくなっていく。