지금으로부터 500년후의 미래. 은하계 내전의 참전군인 출신인 말콤 레이놀즈 선장은 자신의 우주선 세레니티 호와 충성심에 가득찬 부하들을 데리고 돈되는 일이라면 무엇이든 하는 해결사로서 생활한다. 어느날 레이놀즈 일행은 젊은 의사 사이먼과 그의 여동생 리버를 탑승객으로 태우게 되는데, 둘은 우주연합으로부터 도망치는 중이다. 세레니티 일행들은 곧 초능력을 가진 리버가 엄청난 비밀을 가지고 있으며, 따라서 이 둘을 탑승시킨 것이 위험천만한 일임을 깨닫게 되는데...
평화로운 행성 아키아에 우주를 정복하려는 세이자인이 침입한다. 오랜시간 평화롭게 살던 아키아 사람들은 무기도 없고 싸우는 방법조차 모른다. 세이자인들의 공격이 시작되자 아키아인들은 도움을 구함과 동시에 정복자에게 대항하기 시작한다. 한편 아키아 평의회는 자신들을 보호해줄 전사를 고용하기로 하고, 이 임무를 맡은 샤드가 전사를 찾아 떠난다. 그는 각지에서 초능력과 무술에 능한 용사들을 모아서 돌아와 세이자와 전투를 시작하는데...
파국적 인 세계 전쟁 후 한 젊은 영화 감독이 대학살에서 깨어나 유일한 생존자 인 기이하고 이데올로기 적으로 반대되는 미군의 인물에게 피난처를 찾습니다. 함께, 그들은 안전과 해답을 찾기 위해 유독 한 환경에 용감하게 맞서고 있습니다.