＜15歳の夏、僕は彼に出会った―＞陸上部に所属するシーヘルは、チャンピオンシップ大会に向けて結成された強化チームに選ばれ、同じく選手として選ばれた自由快活で爽やかな少年マークと出会う。ある日、練習の後、友達と泳ぎに出かけ二人きりになったマークとシーヘルはお互いに引き寄せられるようキスをしてしまう。ガールフレンドのイェシカと会っていても、シーヘルの頭の中にはマークが浮かんでばかり。その気持ちは友情なのか愛情なのか自分でもよくわからない。

時は 1840 年代、舞台はイギリス南西部の海沿いの町ライム・レジス。主人公は、人間嫌いで、世間とのつながりを絶ち暮らす古生物学者メアリー・アニング（ケイト・ウィンスレット）。かつて彼女の発掘した化石は大発見として一世を風靡し、大英博物館に展示されるに至ったが、女性であるメアリーの名はすぐに世の中から忘れ去られ、今は土産物用のアンモナイトを発掘しては細々と生計をたてている。そんな彼女は、ひょんなことから裕福な化石収集家の妻シャーロット（シアーシャ・ローナン）を数週間預かることとなる。美しく可憐、何もかもが正反対のシャーロットに苛立ち、冷たく突き放すメアリー。だが、次第にメアリーは自分とはあまりにかけ離れたシャーロットに惹かれていき――。

人気漫画家のホールデンは、共同作家であり親友のバンキーと、作品を出品するためコミックマーケットへと出向く。そこで出会ったのが、駆け出しの漫画家であるアリッサ。快活でチャーミングな彼女にホールデンはひとめ惚れするも、アリッサはレズビアンの女性だった。それでもホールデンは恋心を抱き続け、そんな彼をバンキーは苦々しく見守る。そしてある雨の夜、ホールデンはついにアリッサに想いを告げる。