2029年、この25年間で新たなミュータントは生まれておらず、彼らの存在は絶滅の危機に瀕している。かつて「ウルヴァリン」の名で知られていたローガンことジェームズ・ハウレットはテキサス州で運転手として働き、メキシコ国境の向かい側に位置する放棄された製錬工場でキャリバンやチャールズ・エグゼビアと共に暮らしていた。ある日、ローガンはガブリエラ・ロペスから、ローラという名の11歳の少女をノースダコタ州にある「エデン」まで送り届けて欲しいという依頼を受ける。

核戦争から15年後、荒廃したパリに一軒だけ建つ精肉屋デリカテッセン。その上にあるアパートに、元ピエロの青年ルイゾンが引っ越してくる。そこには、不気味な店主とクセのある住人たちが住んでいた。

近未来の半ば朽ちかけたような港町に子供の失踪事件が続発。実は町に横行する一つ目教団が、沖合に浮かぶ奇妙な実験室に住む天才クローン人間クランク（ダニエル・エミルフォルク）に夢を見させるため、誘拐していたのだ。サーカスの怪力男ワン（ロン・パールマン）の幼い弟ダンレー（ジョゼフ・ルシアン）も誘拐される。ワンは9歳のミエット（ジュディット・ビッテ）率いる孤児の泥棒団に出会う。彼女たちは孤児院を経営するシャム双生児の姉妹の命令下にあり、ワンも腕力を買われて一味に入らされる。ミエットはワンの弟探しに同情して、二人は一つ目教団の本拠に潜入するが捕まり、処刑されることに。

空中都市ザレムが全てを支配する世界。地に残されたわずかな人類はザレム直下に吐きだれるゴミ溜めの周囲に寄り添い、なんとか生き延びていた。サイバネ医師であり賞金稼ぎでもあるイド・ダイスケはスクラップの中から少女の頭部を見つけ再生させる。少女は記憶を失っていたものの失われた古武術・機甲術をその身に宿していた。自身のルーツ、生きる意味…人生の問いを追い求め、少女は賞金稼ぎとなり、戦いの日々を送るが…！?

ロボットによって全ての世話をしてくれる夢のような空中都市メトロシティ。そこで生活をしているテンマ博士の息子トビーは、ピースキーパーの実験中の事故によって命を落としてしまう。 悲嘆にくれるテンマ博士はトビーの姿と記憶を持ち、究極のエネルギー『ブルーコア』を搭載した人間にそっくりなロボットを作り上げた。しかし、息子として迎え入れたもののどこか本物とは違うことを痛感したテンマ博士は彼を拒絶してしまう。 自分がロボットであることを知りブルーコアを狙うストーン大統領にも追われ地上へ落ちた彼は、コーラたち地上に住む子供達と出会い「アトム」と名乗り、自分の居場所を探すために彼らと暮らすこととなった。

天才クリエイター、キャッスル（マイケル・C・ホール）が開発したオンライン・ゲーム“スレイヤー”では、生身の人間が遠隔操作され、激しい戦闘を繰り広げていた。無実の罪で投獄され、スレイヤーの戦士となったケーブル（ジェラルド・バトラー）は、30回勝ち抜けば釈放という条件にあと1回と迫り、世界中の注目を集めていたが……。

世界がウエスタンブロックとイースタンブロックに分断された近未来。ミレーヌ・ホフマン＝通称００９１（ゼロゼロナインワン）は、ウエスタンブロックの特務組織“ゼロゼロ機関”によって作り出されたスパイ・エージェント。幼い頃の記憶を失った彼女は、サイボーグ化された自らの肉体を最大限に活用し、冷酷非情にミッションを遂行していく。ある時、そんな彼女に“Ｄｒ．クラインを奪還せよ”という新たな指令が下されるのだったが…。