1988年、アメリカ・マサチューセッツ州ミドルセックス。ある晩、高校生ドニー・ダーコの前に銀色のウサギが現われる。ドニーはウサギに導かれるようにフラフラと家を出ていく。そして、ウサギから世界の終わりを告げられた。あと28日6時間42分12秒。翌朝、ドニーはゴルフ場で目を覚ます。腕には「28.06.42.12」の文字。帰宅してみるとそこには、ジェット機のエンジンが落下していてドニーの部屋を直撃していた。何がなんだか分からないながら九死に一生を得たドニー。その日から彼の周囲では、不可解な出来事が次々と起こり始めた。

カリフォルニア州の砂漠地帯にある刑務所から受刑者が脱獄する。受刑者の名はアルバート・ギャンズ、強盗殺人の前科がある危険な男だ。ギャンズは共犯者ビリー・ベアと共にサンフランシスコに逃亡する。 次の日、サンフランシスコ市警察本部のジャック・ケイツ部長刑事は、同僚の刑事2人と共に非行少年が潜伏しているホテルに踏み込む。ところが、そこにいたのは非行少年ではなく、ギャンズたちであった。激しい銃撃戦となり、刑事2人は射殺されてしまう。 ケイツは、ギャンズのかつての仲間であり現在は服役中のレジー・ハモンドというチンピラから手掛かりを引き出そうとする。「ギャンズを捕まえるために自分を刑務所から出して協力させろ」と要求するハモンドに対して、48時間の期限付き仮出所を取り付けたケイツ。ハモンドは仮出所できた解放感からか、女を口説くなど軽薄な行動をするが、その度にケイツを苛立たせる。

雲状の巨大な何かが銀河系を通って地球に向かって突き進んでくる。提督に昇進したカークだが、かつて自分が率いたUSSエンタープライズと乗組員たちを、あらためて率いるよう依頼される。カークはそこにかつての部下たちを召集するが、物体は地球まであとわずかという距離に接近。“何か”の中に“ヴィジャー”と名乗る謎の存在がいることを突き止めるが、“ヴィジャー”は自身を作り出した創造主“クリエイター”を捜していた。

児童相談所で働き、平凡な毎日を送っていた小春(土屋太鳳)。だが、祖父が倒れて車で病院に向かうも事故に遭遇し、父親が飲酒運転で連行されてしまう。さらに、自転車屋を営んでいた自宅は火事になって廃業になった上に、恋人が自分の同僚と浮気している現場を目にしてしまう。全てを失って打ちひしがれる中、離婚歴がある裕福な開業医・大悟(田中圭)と出会う。8歳になる彼の娘ヒカリと打ち解け、彼からプロポーズされた小春は結婚し、一気に幸せの頂点に立つ。