大きな湖のある郊外の町。息子を愛するシングルマザー、生徒思いの学校教師、そして無邪気な子供たち。それは、よくある子供同士のケンカに見えた。しかし、彼らの食い違う主張は次第に社会やメディアを巻き込み、大事になっていく。そしてある嵐の朝、子供たちは忽然と姿を消した――。

花き農家の息子のレオと幼馴染のレミ。昼は花畑や田園を走り回り、夜は寄り添って寝そべる。24時間365日ともに時間を過ごしてきた2人は親友以上で兄弟のような関係だった。 13歳になる2人は同じ中学校に入学する。入学初日、ぴったりとくっついて座る2人をみたクラスメイトは「付き合ってるの？」と質問を投げかける。「親友だから当然だ」とむきになるレオ。その後もいじられるレオは、徐々にレミから距離を置くようになる。 ある朝、レミを避けるように一人で登校するレオ。毎日一緒に登下校をしていたにも関わらず、自分を置いて先に登校したことに傷つくレミ。二人はその場で大喧嘩に。その後、レミを気にかけるレオだったが、仲直りすることができず時間だけが過ぎていったある日、課外授業にレミの姿はなかった。心ここにあらずのレオは、授業の終わりに衝撃的な事実を告げられる。それは、レミとの突然の別れだった。 移ろいゆく季節のなか、自責の念にかられるレオは、誰にも打ち明けられない想いを抱えていた…。

1963年、ワイオミング州ブロークバック・マウンテン。定職のないイニスとジャックは、羊放牧の職を得て、共にひと夏を過ごすことになる。大自然の中でお互いを助け合ううちに、彼らに深い絆が生まれる。それがごく自然に男同士の関係へと変化していくのに、それほど時間はかからなかった。しかし、保守的な時代、閉鎖的な土地…厳しい社会の現実が２人の関係に影を落とし始める。

高麗末期、元の政治干渉に苦しむ恭愍王。そんな王に幼い頃から仕えてきた近衛部隊・乾龍衛の隊長ホンニム は、王が最も信頼する部下であり寵愛の対象だった。元は、後継者がいないことを理由に王権を脅かすが、王は女性を愛することができない。苦肉の策として、王は「お前に似た子が欲しい」とホンニムに王妃 を身ごもらせるように命ずる。戸惑いつつもホンニムと王妃は肌を重ねるようになるが、ふたりの情事を盗み見る王の目にはいつしか嫉妬の色が浮かんでいた･･･。

1865年京都。新選組は新たに隊士を募集し多くの志願者が集まる中、一際異彩を放つ美少年がいた。加納惣三郎と名乗るその青年は剣豪・沖田総司をも手こずらせる程の剣の腕の持ち主だった。そして、もう一人、加納と双璧をなす程の剣の腕の持ち主・田代彪蔵の二人が入隊を許可された。しかし、この二人の入隊によって新選組内部の空気は少しずつ変わっていくことになる。田代は衆道（男色）の気を持つ男であり、惣三郎を衆道に引きずり込もうとしていた。そんな中、惣三郎に密かに想いを寄せていた隊士・湯沢藤次郎が何者かによって惨殺される。土方は湯沢の恋敵であった人間が斬ったのではないかと疑い始める。