シュレックは他の人からは怖がられている怪物である。その外見とは裏腹に本質は心の優しい彼は、人里離れた沼地で一人気楽に暮らしていた。ある日、シュレックは森の中でお調子者でおしゃべりなロバのドンキーと出会う。シュレックに怯えて逃げた兵達を見てシュレックが自分を救ってくれたと思い込み嫌がるシュレックについて行く。ドンキーのおしゃべりにうんざりしたシュレックが戻ってみると、彼の沼地には妖精やおとぎ話の主人公達が押し寄せてきていた。

旅の末、フィオナの呪いを解き、無事に結婚したシュレックとフィオナ。幸せな日々を送っていたが、ある日フィオナの両親から、結婚の祝いを行うので来る様にとの手紙が届く。嫌われるに決まっていると最初は渋っていたシュレックだが、同じく結婚したドラゴンと近頃気まずいというドンキーと共に仕方なくフィオナの故郷「遙か彼方の王国」に旅立ち、到着するもシュレックの予想通り、シュレックや怪物姿のフィオナを見た両親はびっくりし、怪物という偏見と考えが合わないことでシュレックと国王は喧嘩をしてしまう。

1962年、米ソ冷戦時代のアメリカで、政府の極秘研究所の清掃員として働く孤独なイライザは、同僚のゼルダと共に秘密の実験を目撃する。アマゾンで崇められていたという、人間ではない“彼”の特異な姿に心惹かれた彼女は、こっそり“彼”に会いにいくようになる。ところが彼は、もうすぐ実験の犠牲になることが決まっていた。

ジェレミット、キャサリン、メイス、シンデルの親子は母星を離れ宇宙船で飛行中、エンドアという星に不時着。そのうえジェレミットとキャサリンは森でゴラックスという怪物に捕らえられてしまう。あとには幼い兄妹メイスとシンデルが残されるが、幸いエンドアの住人であるイウォークに救われ命拾い。心優しく聡明なイウォークたちは2人に食料や薬を与え、両親がゴラックスに捕らえられた事実まで探り出す。両親の危機を知り、何としても救いに行きたいメイスとシンデル。イウォークたちもその熱意に打たれ危険を承知で同行を決意する。