白血病を患い小児病棟に入院する10歳の少年、オスカー。周りの大人たちが余命を悟られないようにと怖々接する中、偶然出会ったデリバリーピザの女主人ローズが見せた遠慮ない態度は、かえってオスカーの心を掴んだ。そんなある日、オスカーはついに自分が余命わずかであることを知ってしまう。誰とも口を利いてくれないオスカーに困り果てた病院長は、彼が唯一心を開いていたローズに話し相手になってほしいと懇願する。戸惑いつつも依頼を引き受けたローズは、短い余命に落ち込むオスカーを励まそうと、ある提案をする。それは、１日を10年と考えて日々を過ごし、その10年間の人生を毎日神様宛の手紙にしたためるというものだった。

ある夜、プリンストン大学で教諭をする地球外生物学者、ヘレン・ベンソン博士の自宅にアメリカ政府のエージェントが突然やってきた。強制的にある非常事態への協力を求められたヘレンは1年前に他界した夫の連れ子であるジェイコブを隣人に預け、あわただしく公用車に乗り込む。すでに政府は軍を総動員出動させ警戒態勢を敷き、町は異様なまでに静まり返っていた。政府がヘレンのほかに核物理学・天文学・地質学などの権威を招集したのは、木星の外側で観測された謎の物体への対策を講じるためだった。小惑星と思われるその物体は想定外の進路を信じがたい速度で移動し、マンハッタンへと迫っているのだった。

2001 年９月１１日、ニューヨーク。ワールドトレードセンタービルのエレベーターに偶然居合わせた、実業家のジェフリー（チャーリー・シーン）と離婚調停中の妻イヴ（ジーナ・ガーション）、バイクメッセンジャーのマイケル、恋人に別れを告げに来たティナ、ビルの保全技術者のエディの５人。突如、ビルに飛行機が激突し、彼らは北棟の 38 階辺りに 6 閉じ込められてしまう。外部との唯一の通信手段はオペレーターのメッツィー（ウーピー・ゴールドバーグ）だけ。恐怖と闘いながら外への逃げ道を探す５人が極限状態で下した決断とは・・・・。