「アマゾンプロジェクト」の責任者・水澤令華のもとに2年前から養子として引き取られた一人の青年・水澤悠がいた。彼も自らの変調に気付きつつあった。そしてアマゾンを狩るアマゾン、鷹山仁も独自に行動を開始していた。その男の目的は依然謎のままである…様々な思惑が錯綜する中、悠と仁の出会いによって物語は大きく動き出すのであった。

あれから5年…。トラロック事件によりアマゾン大量流出事件は終息したかに見えたが、事態は思わぬ展開を迎えていた。アマゾン狩りをしていた千翼は、アマゾンと戦う謎の少女・イユと運命的な出会いを果たす。しかし、千翼はまだ知らない、彼女はアマゾン化した父親に殺され、アマゾンとして蘇った生体兵器であることを―。

暴力、セックス、ドラッグ、殺しが蔓延る多国籍街・歌舞伎町。その一角にあるヤクザマンションと呼ばれるビルに事務所を構える安生組の組長が、組の資金3億円と共に姿を消した。若頭・垣原は組長捜しに乗り出すが、その時既に組長はヤクザ壊滅を企む謎の手配師・ジジイによってマインドコントロールされた、靴の踵に仕込んだ鉈を武器とする泣き虫の殺し屋・イチに殺されていた。そのことを突き止めた垣原は、組長の仇を討つべく手下の高山や会長・中沢、イチに過去の自分を投影する鉄砲玉の金子、双子のサド刑事・二郎と三郎、敵対する組の船鬼や鈴木ら周囲を巻き込んでイチ捜しを開始。だが、実は究極のマゾである彼の目的は、やがてイチの無情な殺戮方法に対する興味へと移行していく。そして、遂にイチを捜し出した垣原は、イチに痛めつけられる期待に胸を膨らませるのであったが、肝腎のイチは不甲斐なく彼の期待に応えてはくれなかった。そこで、絶望した垣原は自らの耳に針を刺し自分を痛めつけると、イチに倒される妄想を見ながら投身自殺するのであった。

兄嫁と不倫に耽り、荒んだ生活を送っていたフランク・コットン。組替えにより究極の性官能を味わう事のできる伝説のパズルボックスを手に入れるが人知れず行方不明となってしまう。フランクの失踪後、兄ラリーは家族と共に空き家となっていたフランクの家へ引っ越してくる。引越し作業中、ラリーは手に傷を追うがその滴り落ちた一滴の血により異形の地獄から肉達磨のような姿に変わり果てたフランクが蘇る。彼はパズルボックスの力で快楽の奈落に囚われていたがラリーの血によって現世へ復活することができたのだった。しかし完全に人間に戻るには生贄の血が足らない。そこでかつて不倫関係にあった兄嫁ジュリアを再びたぶらかし、次々と生贄を家に呼び込みその血を奪い取る。ジュリアの不審な行動を怪しんだ娘のカースティは、飛び込んだ部屋にいる皮膚のない恐ろしいフランクとジュリアのたくらみを知り、パズルボックスを奪って逃げる。逃げた先で興味本位からパズルボックスを組替えてしまったカースティの前に突如として魔界が繋がり、そこから恐ろしい形相の魔導師が現れカースティを苦痛と快楽の地獄に引き込もうとする・・・

シカゴ郊外にあるキャンベル研究所。若き心理学者キャサリンは人間の潜在意識や夢の中に入り込む技術を研究していた。そんな彼女のもとに、ガラス張りのセル（独房）に女性を閉じ込め溺死する姿を見て性的快楽を得る殺人鬼の心の中を覗いて欲しいという依頼が舞い込む。