En 15 ans de carrière chez les Men In Black, l’agent J a vu beaucoup de phénomènes inexplicables… Mais rien, pas même le plus étrange des aliens, ne le laisse aussi perplexe que son partenaire, le sarcastique K. Lorsque la vie de K et le destin de la Terre sont menacés, l’agent J décide de remonter le temps pour remettre les choses en ordre. Il va alors découvrir qu’il existe certains secrets de l’univers que K ne lui a jamais révélés. Il est cette fois obligé de faire équipe avec l’agent K, plus jeune, pour sauver la vie de son partenaire, l’agence, et l’avenir même de l’humanité…

2080. Kidd, un officier de police, voyage dans le passé pour enrayer la conspiration maléfique d'une organisation criminelle. Le Docteur Masterson, ayant découvert une nouvelle technologie de ressources d'énergie dans le monde, est menacé. Kidd, épaulé par la belle Millie, va tout faire pour combattre les forces du mal...

Deux voyageurs temporels, avec des avis divergents, sont renvoyés dans le présent, en Antarctique, à bord d'un vaisseau scientifique pour empêcher une catastrophe biologique mondiale.