Er breekt een burgeroorlog uit in de Russische Federatie, en de leider van de rebellen is voorstander van nucleaire interventie. De onderzeeër USS Alabama wordt in opperste paraatheid gebracht. Frank Ramsey, de kapitein van de onderzeeër, krijgt het aan de stok met zijn eerste officier Ron Hunter, als een eerder bevel om tien atoomraketten af te vuren niet kan worden bevestigd door een storing in de verbindingsapparatuur.

Als een satelliet neerstort op een klein dorp in Arizona sterven alle inwoners, behalve een baby en een oude man, aan een virusinfectie. Vier wetenschappers moeten het virus onderzoeken en voorkomen dat het zich verspreidt.

In San Francisco werd de hoogste wolkenkrabber ter wereld gebouwd: een glazen toren van 138 verdiepingen. Bij het ontwerpen van het gebouw werd aan alles gedacht: kantoorruimtes, residentiële flats, een restaurant, een nachtclub en op het dak een helihaven. .

Nadat het kleine plaatsje Bridgton getroffen wordt door een hevige storm, verschijnt een mysterieuze mist. David Drayton en diens zoontje worden, net zoals vele andere dorpelingen verrast door de mist terwijl ze inkopen doen. Al snel blijkt de mist een dekmantel, waarin de meest vreemde en gevaarlijke wezens zich verstopt hebben.

Na een vliegtuigramp overleefd te hebben is Max Klein niet langer de persoon die hij was. Hij is niet meer in staat om met z'n oude leventje verder te gaan, heeft problemen met z'n vrouw Laura, en voelt zich onkwetsbaar. Als psycholoog Bill Perlman niet in staat blijkt om Max te helpen, zorgt deze ervoor dat hij een andere overlevende ontmoet, Carla Rodrigo, die vol schuldgevoel zit nadat haar baby bij de crash is omgekomen.

Susan Cooper is een pretentieloze analist bij de CIA en de miskende held achter vele gevaarlijke operaties. Maar als haar partner plotseling verdwijnt en een andere topagent in opspraak raakt, verruilt ze haar kantoorbaan voor die van infiltrant.

1942, de Tweede Wereldoorlog. Grote hoeveelheden munitie en talloze mensenlevens gaan verloren omdat de geallieerden er maar niet in slagen om de Duitse boodschappen te ontcijferen. Omdat dit op termijn wel eens de overwinning van de Duitsers zou kunnen betekenen, wordt een grootscheepse infiltratie-operatie opgezet.

De film vertelt het waargebeurde verhaal van de eerste Russische nucleaire onderzeeër, die met pech kreeg te kampen op zijn eerste reis naar de Noord-Atlantische zee in 1961. De crew, geleid door de stugge kapitein Zateyev, raakt betrokken in een race tegen de klok om een ontploffing te voorkomen die niet alleen de crew zou doden, maar ook een wereldoorlog tot gevolg zou kunnen hebben.

De nieuwe zoektocht voert het team vanuit de stoffige woestijnen van het zuidwesten naar de ijzige hoogten van de Scandinavische bergen. Onderweg komen ze tegenover enorme zeemonsters te staan en krijgen ze te maken met bijzondere geesten en krachtige legenden. Halverwege de reis ontdekt Kida de geweldige kracht van de betoverde kristallen uit haar stad en moet ze uiteindelijk beslissen of het verstandiger is om het Hart van Atlantis te verbergen of om het door te geven aan de rest van de wereld.

Engeland, 1943: Tom Jericho is een briljante code-kraker die de Enigma-code waarmee de Nazi's met de U-boten communiceren heeft weten te kraken. De code is echter gewijzigd, en de race om de code te breken is opnieuw begonnen. Dit maal komt er echter een extra gevaar opduiken: er zou een spion aanwezig kunnen zijn onder de code-krakers, en het zou iemand kunnen zijn die dicht bij Tom staat.

Al zijn hele leven droomt commandant Tom Dodge er van om een atoomduikboot te besturen en na een aantal zware trainingen is hij eindelijk bevoegd. Omdat hij zeer geliefd is bij zijn bemanning, is het een onaangename verrassing voor hem wanneer hij te horen krijgt dat hij geen promotie zal maken. De marine geeft hem de opdracht om met een oude verroeste onderzeeër uit de Tweede Wereldoorlog en een stel mislukkelingen als bemanning een zee-gevecht te houden die hij, naar hij later hoort, opzettelijk dient te verliezen. Dit om er voor te zorgen dat de superieure Amerikaanse zee-vloot als een overdonderde winnaar tevoorschijn komt. Laat dit de Commandant nu net niet bevallen en hij zet alles op alles om zijn "tegenstanders" een hak te zetten.

Bekende personages uit de Victoriaanse literatuur proberen een wereldoorlog te voorkomen en gaan samen de strijd aan tegen een sluwe schurk.

Bij marineoefeningen vinden twee duikers het schip de Nautilus, dat sinds de storm van 16-03-1877 vastligt onder een rif. Ook kapitein Nemo blijkt nog aan boord te zijn.

Hoog boven de Noord Atlantische Oceaan bevindt zich de vlucht 534. De vermoeide passagiers willen niets liever dan naar huis na een lange en frustrerende vertraging op het vliegveld. Plotseling wordt het eentonige geluid van de motoren verstoort door een oorverdovend lawaai van scheurend metaal. De bagagedeur is open gescheurd. De piloot raakt bewusteloos door rondvliegend puin en de enige man die het vliegtuig kan redden is Hogan. De laatste keer dat hij vloog had hij een bijna-doodervaring. Katy zijn ex-vriendin, is een van de stewardessen op het vliegtuig. Zij is de enige die weet hoe nerveus Hogan kan worden.

Een chemisch ingenieur, die onlangs naar de stad is verhuisd, worstelt met het vinden van een manier om een ​​dodelijke nieuwe variant van Cryptosporidium te doden die de watervoorziening van de stad is geïnfiltreerd, waardoor mensen die het drinken omkomen van de dorst.

Nick Cromwell (Ken Olin) is expert op het gebied van storingen in complexe systemen en een onafhankelijke consultant die werkzaam is voor het overheidsproject 'Z2' om zeker te stellen dat het land voldoet aan de eisen voor het jaar 2000. Terwijl de minuten tot het nieuwe millennium wegtikken, adviseert een bezorgde Nick voorzorgsmaatregelen te nemen en weet hij zijn baas, Martin Lowell (Morton), ervan te overtuigen alle vliegtuigen voor middernacht aan de grond te zetten. Terwijl Nick afwacht wordt het langzaam maar zeker overal ter wereld 00.00 uur en komen de Verenigde Staten steeds dichterbij het punt waarop het gevreesde Millenniumprobleem een feit zal zijn.

In de jaren zeventig werden aanslagen gepleegd op Amerikaanse militante doelwitten door de Rote Armee Fraktion (Raf), een terroristische, Duitse organisatie die werd geleid door Andreas Baader, Gudrun Ensslin en Ulrike Meinhof.