母親の命を奪った巨人をこの世から駆逐することを誓い、調査兵団の兵士として戦いに身を投じてきたエレン・イェーガーだったが、過酷な戦いの中で自身が巨人へと変貌してしまう。巨人の力を人類の勝利のために使うことを決めたエレンは、強敵である女型の巨人と戦い、辛くも勝利を収めるが、そんなエレンと人類にさらなる試練が訪れる。

兵士として巨人と戦うエレンは自らが巨人化し、審議の結果、調査兵団特別作戦班ことリヴァイ班への所属が決定する。壁外調査へ出発したエレンたちだったが、知性を持つ女型の巨人に襲撃される。多くの犠牲を払いながら、ついに女型の巨人を捕獲することに成功した調査兵団だったが……。

2006～08年に計2シーズンが放送された人気アニメ「コードギアス　反逆のルルーシュ」を再構築した劇場版3部作の完結編。全50話のテレビアニメを再編集し、新作カットを加えて全編新規アフレコを行った。世界支配をもくろむ巨大帝国ブリタニアと、ブリタニアに反旗を翻す黒の騎士団がついに激突する。それは、黒の騎士団を率いる仮面の男ゼロ＝ルルーシュの思惑通りだったが、妹ナナリーの存在がルルーシュの計算を狂わせていく。一方、ブリタニアの第2皇子シュナイゼルが黒の騎士団に接触。ゼロの秘密を明かし、黒の騎士団の統制を内部から揺るがせようとしていた。そうして戦いは激化していき、あらゆる人々の怒りや悲しみ、執着や願いも飲み込んでいくが……。

母を何者かに殺され、父である神聖ブリタニア帝国皇帝に国を追われた忘却の皇子、ルルーシュ。彼は神聖ブリタニア帝国に占領された日本――エリア11でその正体を隠しながら暮らしていた。母を死に至らしめ、妹ナナリーの目と足の自由を奪った神聖ブリタニア帝国の打倒。謎の美少女C.C.から絶対遵守の力・ギアスを授けられた時、ルルーシュの野望が実現へと向けて動き出す――。

仮面の反逆者「ゼロ」として反ブリタニア勢力「黒の騎士団」を率いるルルーシュ。親友のスザクはブリタニア第3皇女ユーフェミアの騎士に任命され、それぞれの立場で力をつけていく2人だったが、ユーフェミアがエリア11副総督として行政特区「日本」の発足を発表し、大きな転機が訪れる。行政特区日本が実現すれば黒の騎士団の存在意義が失われてしまうことから、ルルーシュはユーフェミアとの面会を試みるが・・・。

地球上のエネルギー源であるフォトン・バッテリーを宇宙よりもたらすキャピタル・タワー。 タワーを護るキャピタル・ガードの候補生ベルリ・ゼナムは、初めての実習で宇宙海賊の襲撃に遭遇して捕獲に協力。 捕まった少女アイーダに不思議な何かを感じたベルリは、彼女が「Ｇ-セルフ」と呼ぶ高性能モビルスーツを何故か起動できてしまう。 宇宙世紀終焉後の時代、リギルド・センチュリーを舞台に少年少女の冒険は世界の真相に直進する。

ディアナたちの努力の甲斐なく止むことのない月と地球の民の戦い。その裏には、月でディアナの留守を預かる政治家・アグリッパと軍人・ギンガナムの結託があった。特にこれを機に戦争を楽しもうと考えているギンガナムは、月のマウンテン・サイクルから黒歴史最強のモビルスーツターンXを発掘し、ロランの∀ガンダムを兄弟機と呼び戦いを挑んで来る始末。そんな中、ディアナは遂に月に封じ込められていた黒歴史の記録を解いた。それは、巨大な人型兵器モビルスーツによる宇宙戦争。そして、その果てに汚染された地球を、∀ガンダムが月光蝶と呼ばれるナノマシンという超小型ロボットを使ったシステムを発動させて埋葬したこと。それにより、人々は地球再生の時を待って月と地球に別れて住むようになったのだ。衝撃の真実が明らかにされたことで、アグリッパは腹心のミドガルドによって射殺。事態は一件落着かと思われる。だが、今度は地球を最後の科学文明の時代に戻そうと画策する野心家・グエンとギンガナムが手を結んだことで、新たな戦乱が始まろうとしていた。そんなグエンの計画を阻止すべく、再び地球に戻るロランやディアナたち。しかし、ターンXと壮絶な戦いを繰り広げるロランが操縦する∀ガンダムが、遂に月光蝶を発動してしまう。月光蝶の拡散を必死に食い止めるディアナ。やがて、∀ガンダムとターンXはその機動を停止した。こうして地球と月に平和が戻り、ディアナはキエルと入れ替わったまま、ロランと静かに地球で暮らすのだった。