20 år efter den sidste udgivelse vender Gundam SEED spektakulært tilbage til biograferne med en helt ny historie og en længe ventet efterfølger til den serie, der begejstrede en hel generation af anime-fans! Genopdag Gundam SEED med dette actionfyldte episke eventyr på det store lærred! I C.E.75 fortsætter kampene stadig. Der er uafhængighedsbevægelser og aggression fra Blue Cosmos... For at berolige situationen oprettes et globalt fredsovervågningsagentur kaldet COMPASS med Lacus som den første præsident. Som medlemmer af COMPASS griber Kira og hans kammerater ind i ind i forskellige regionale kampe. Så foreslår en nyetableret nation ved navn Foundation en fælles operation mod en af Blue Cosmos' højborge.

I århundreder har den sidste ridderkriger, revolvermanden Roland Deschain, forsvaret Det Mørke Tårn, der holder sammen på universets mange dimensioner, mod den sortklædte troldmand Walter O'Dim. Begge er ude efter menneskedrengen, Jake Chambers, der ejer evnen til at se ind i andre verdener. Ved Deschains side kan han redde verden - men ved O'Dims side kan han knuse Det Mørke Tårn.