巨人が牛耳る世界。高さ50メートルの防壁に囲まれた街、シガンシナ地区に暮らす少年エレンはのどかな日々を過ごしていたが、ある日、巨人が壁を越えたことから運命が一変する。巨人によって母親を失ったエレンは復讐（ふくしゅう）を誓い訓練兵団に入団。やがて兵士となり戦いに身を投じていくが……。

　宇宙世紀0071年。サイド3、ムンゾ自治共和国を脱出して3年。 　ジオン・ズム・ダイクンの遺児であるキャスバルとアルテイシアの兄妹は、ジンバ・ラルと共に地球に逃れ、テアボロ・マス家に身を寄せており、エドワウとセイラという名で平穏に暮らしていた。だが、彼らを追うザビ家の魔の手が、再び迫りつつあるのであった…。 　そのころ、サイド3はジオン自治共和国と国名を変え、ザビ家が実権を掌握し、支配体制を固めつつある一方、地球連邦軍に対抗するための新兵器、モビルワーカーの開発に着手していた。

ロシアの首都モスクワに巨大な未確認飛行物体が飛来する。ビルをなぎ倒し、多数の死傷者を出して墜落した物体は、なんと宇宙人の巨大母船だった。宇宙人との初にして突然の遭遇に市民が戸惑う中、政府は戒厳令を敷き、事態の収拾を図る。一方、軍司令官の娘ユリアは、来訪した宇宙人の技術者ヘイコンと親しくなる。宇宙人排斥の機運が高まる中、ユリアはヘイコンらが故郷に戻るため必要な物体“シルク”の探索に協力することになる。

２００８年１２月、証券投資会社会長バーニーは妻ルース、そして２人の息子に驚愕の事実を明かす。彼は過去１５年間に渡り、有数の顧客を騙して嘘の取引を行い、約６５０億ドルを破綻させたというのだ。その後、ＦＢＩによって彼が詐欺の罪で逮捕されたというニュースはたちまち世界中の金融界を揺るがし、家族を混乱の渦に巻き込んでいく。ある夜バーニーは、周囲からの批判に耐えかねないと嘆く妻ルーシーと共に自殺を図る。

崑崙山の洞窟で巨大な未確認生物の骨が発見され、調査隊が派遣される。だが、隊は謎の怪物に襲われ壊滅、わずかに生き残ったフー・バーイーと恋人ヤン・ピンらは洞窟の奥にそびえ立つ“妖魔塔”に遭遇する。しかし彼らはそこでも怪物に襲われ、生還したのはバーイーただひとりだった。妖魔塔の研究を始めた彼は、やがて1万年ほど前に塔に封印された異星人が復活をたくらんでいることを知り、新たな調査隊に加わる。