2035年、人類は謎のウイルスによって99％を失い、絶滅寸前に陥っていた。その原因を探るべく、受刑者のジェームズがタイムトラベルの実験台にされ、過去の世界へと送られる。手掛かりとなるのは“12モンキーズ”という謎めいた言葉だけ。まずウイルスが発生する6年前、1990年にたどり着いたジェームズだが、警察に逮捕され、心の病を治す施設に送られてしまう。彼はそこで、ジェフリーという男に出会う。

彼の前に突然現れた謎の女リーとともに、狂乱が世界へ伝播していく。孤独で心優しかった男は、悪のカリスマなのか、ただの犯罪者か？その暴走の行方とは？ついに「ジョーカー」が完全となる、世紀のＸデーの目撃者となれ。

・事件・から一週間、井戸の中から発見された貞子の死体が解剖された。ところが、30年前に殺された筈の彼女の遺体は、解剖の結果、少なくとも死後1年ないし2年しか経っていないことが判明する。すると、貞子は30年近く井戸の中で生きていたことになる！　遺体の身元確認にやってきた貞子の母・志津子の従弟・山村敬は、思わず貞子の怨念のすさまじさに戦慄を覚えるのだった。

雪に閉ざされた北極の地で、マットはロンドンで出会ったアメリカ人学生のリサのことを想っていた。ブラック・レーベル・モーターサイクルのライブで出会った2人は恋に落ち、何度も身体を重ね合わせていた。