若くして新人賞を受賞して人気作家になった小説家の佐久本だが現在はスランプで、週刊誌での連載も低迷。年下の担当編集者ミチルに励まされても筆は進まない。ある夜、占い師風の女性から“タコ”というキーワードを教えてもらった佐久本は地方の多古町にある古民家に引っ越すが、そこで近所から庭先に集まってくる猫たちに魅了され、餌などを与えてかわいがるように。一方、週刊誌では佐久本の連載を打ち切ることが決まる。

旅を続けるサトシ一行は、自然に囲まれた町・ミチーナに到着する。タッグバトルをしたトレーナーの案内で、遺跡に向かったサトシたちは、そこで時を司る神・ディアルガを呼び出す女性・シーナに出会う。 シーナからアルセウスについての言い伝えを聞いてた時、遂にアルセウスが長い眠りから覚め、人間を滅ぼそうと復讐のために現れる。

数百年前、オルドラン城は戦争に巻き込まれる危機に瀕する。城と運命を共にすると誓う女王の元から、その城に仕える波導使いアーロンは弟子のルカリオの元へと立ち去るが、戦いが始まろうとしたまさにその時、世界のはじまりの樹に光が灯り、戦いは防がれるのだった。 現代に至り、アーロンは城を守った波導の勇者の伝説として語り継がれ、オルドラン城ではその年の勇者を決めるためのポケモンバトルの大会が催されていた。その大会へ参加したサトシは見事優勝し、優勝者にのみ握ることの許された「アーロンの杖」を手にする。すると突然杖に光が灯りアーロンの弟子であったはずのルカリオが飛び出してきたのだった。

かつてポケモンのことが大好きな少年だったティムは、ポケモンに関わる事件の捜査へ向かったきり、家に戻らなかった父親・ハリーとポケモンを、遠ざけるようになってしまった。それから年月が経ち、大人になったティムのもとにある日、ハリーと同僚だったというヨシダ警部補から父親が事故で亡くなったと電話がかかってくる。複雑な思いを胸に残したまま、ティムは人間とポケモンが共存する街・ライムシティへと向かう。荷物を整理するため、ハリーの部屋へと向かったティムが出会ったのは、自分にしか聞こえない人間の言葉を話す、名探偵ピカチュウだった。

世界で一番美しい町といわれる水の都「アルトマーレ」。そこでサトシは不思議な技を持つポケモン、ラティアスとラティオスに出会う。ラティオスは兄、ラティアスは妹でとても仲がよく、この町の秘宝「こころのしずく」を守っていた。この秘宝をねらう怪盗姉妹ザンナーとリオン。彼女たちが起こした事件に巻き込まれるサトシとピカチュウたち。隠された封印が解かれた時、町は大水害に見舞われる。奪われた「こころのしずく」を取り返す為、サトシとピカチュウが水の都を駆け抜ける！

かつて“堂島の龍”と恐れられた極道の桐生が、10年の刑期を終えて古巣の神室町に戻って来る。そんな彼の前に犬を連れた母親を探す少女遥が現れ、彼は行きがかり上彼女の母親捜しに付き合うことになる。だが桐生が出所したことを知った兄貴分の真島は、しつこく彼を追い回して対決を挑む。

ある日、宇宙から隕石が飛来し氷原に激突した。隕石の元へ駆けつけた観測隊のロンド博士たちが見たのは、DNAポケモン「デオキシス」だった。そこへさらにデオキシスを追って「レックウザ」が襲来。激しい戦いの末にデオキシスは敗れ、レックウザも天空へと帰ってゆく。その戦いのさなか、ロンド博士の息子であるトオイは戦いから逃げようとしたポケモンの群れの移動に巻き込まれ、それがトラウマとなりポケモンに触れなくなる。 それから4年後。ハイテク都市ラルースシティに到着したサトシ一行は、ひょんなことからトオイと出会う。トオイのトラウマを克服させようとするサトシだったが、ラルースシティにデオキシスが出現し、レックウザもまたデオキシスを追ってくる。

心優しい秀才のユウとバスケ部のエースのハル、そしてハルの恋人コトナ。3人は同じ高校に通う親友同士だった。ある日、ユウとハルは現実世界と隣り合わせの魔法の国“二ノ国”に迷い込む。そこで2人は、コトナにそっくりなアーシャ姫と出会い、やがて二ノ国には現実世界＝一ノ国と命がつながった“もうひとりの自分”がいることを知る。そんな中、アーシャ姫に死の呪いが掛けられ、同時にコトナにも重い病気が発覚する。

人と魔物の大きな戦い「人魔戦争」が終結してから数年。先の皇帝が崩御したのち、帝国では空位状態が続いてはいたが、世界は概ね平和に見えた——。人々は根源たる力・エアルによって、繁栄を築き上げようとしていた。結晶化したエアルは魔核と呼ばれ、魔導器の動力源として暮らしに欠かせぬあらゆるものから、町を護る結界まで作り出していた。 そんな或る日、シゾンタニアの町に程近い、深い森のなか。帝国騎士団ナイレン隊に所属する新人騎士ユーリ・ローウェル、フレン・シーフォ、そしてふたりの先輩である双子姉妹騎士ヒスカとシャスティルは、エアル異常噴出の調査とそれに伴う魔物撃退の任務をこなしていた。騎士団にあこがれて、理想を胸に入団したユーリ・ローウェル。規律と正義を重んじるフレン・シーフォ。ふたりは帝都ザーフィアスの下町で育った幼なじみだったが、偶然入団式で数年ぶりの再会を果たしたのだった。 騎士団の隊長ナイレンは、異変を巡る調査を進めるにつれて、森の遺跡内に未知の魔導器が存在すると睨んだ。そして探索を進める最中、シゾンタニア一帯を巻き込む、大規模な異変が巻き起こる･･････。 騎士団員として行動を共にしながら、その主義の相違により反発しあうユーリとフレン。帝国の暗部を知ったふたりは、やがてそれぞれの「正義」を貫く覚悟を迫られることになる･･････。

T-ウイルスは世界中に蔓延し、遂に東京でも感染者が出た。そして、世界滅亡のカウントダウンが始まった。それから4年後。アンブレラ社は東京、渋谷の地下に巨大要塞を築き、アルバート･ウェスカー議長の指示の下で実験を繰り返していた。その地下要塞を、アリスが自身のクローンたちと共に襲撃。地下要塞は壊滅的なダメージを受ける。 ウェスカーは地下要塞をあっさり見限り飛行機で一人逃亡、予め仕掛けていた特殊爆弾[4]を爆破する。クローンアリスもろとも東京は地下要塞ごと壊滅した。 ウェスカーは勝利を確信するが、オリジナルのアリスは生き延びてウェスカーと同じ飛行機の中にいた。アリスはウェスカーを追い詰めるが、不意打ちを受けて取り逃がしてしまう。

自分に自信の持てない女子高生カスミは、ある日、不思議な声に導かれて異世界バベル大陸へと召喚される。そこは、伝説の存在・暗黒竜デストルークにより、錬金術も魔法も封じられ、“闇の魔人”が跋扈する世界だった。カスミは、彼女を召喚した魔法使いのリズ、そしてガンナーのエドガーと出会う。リズは「闇を封じる幻影兵」を召喚したつもりだったが、カスミはそのような力を持っていなかった。あてがはずれたことに落胆するリズとエドガーだが、カスミを放っていくこともできず、一緒にレジスタンスの村へと向かった。そこでカスミは熱を出して倒れてしまう。カスミはバベル大陸でもまったく無力のままだった。 魔の手は瞬く間に拡がり村を襲撃する“闇の魔人”たち。そこには闇に堕ちた幻影兵と化したザイン、セツナ、メラニクス姉弟の姿もあった。彼らはデストルークに召喚され、村を襲撃してきたのだった。絶望を目前にしたカスミの脳裏に、意外なビジョンがふと浮かび上がる。それは、カスミの中に眠る彼女の“本当の強さ”が目覚めようとしている兆しだった―

太正十五年、帝都・東京は西洋文化と日本文化が入り交じり、街には蒸気電話、蒸気自転車、地下には蒸気鉄道網が敷設され、独特の文化が築き上げられていた。 しかし、この一見華やかな舞台の裏側には、“降魔”と呼ばれる異形の怪物が跋扈する闇の世界が潜んでいた・・・通常の軍隊、警察では到底手に負えないこれらの怪物から帝都を防衛すべく、闇と戦う秘密部隊「帝国華撃団」が組織された。だが、驚くべきことに、隊長をのぞいた全てのメンバーは花もはじらう乙女たちであった。彼女たちは、昼は帝都のスタア、「帝国歌劇団」として大帝国劇場で華やかに舞い踊り、一度、帝都に危機が迫ると、「霊子甲冑（りょうしかっちゅう）」に身を包み、「帝国華撃団」として華麗に戦う戦士たちである。

ついに舞台はセガとソニックの母国である日本。闇のダークヒーロー＜シャドウ＞が東京・渋谷に降臨！ソニック、テイルス、ナックルズが最強ダークヒーローに立ち向かうハイスピードバトルが開幕！