For første gang siden den tragiske ulykke er Lancelot igen sammen med Tristan, som må lære at styre sin indre dæmoner, hvis han skal redde sin mors liv.
De eventyr eksploderer i aktion med debut af Mewtwo, en bio-manipuleret Pokemon skabt ud fra DNA Mew, den sjældneste af alle Pokemon. Fast besluttet på at bevise sin overlegenhed, Mewtwo lokker Ash, Pikachu og andre til en Pokémon kamp som ingen før. Mewtwo vs Mew. Super-kloner vs Pokemon. Det er den ultimative opgør ... med den meget verdens fremtid på spil!
Da Molly Hales sorg i hendes fars forsvinden komme til hende, hun ubevidst bruger Unown til at skabe sin egen drømmeverden sammen med Entei, som hun mener til at være hendes far. Når Entei kidnapper Ash mor, Ash sammen med Misty & Brock invadere palæ leder efter sin mor og forsøger at stoppe mysterier Mollys Dream World og Entei!