物質移動と遺伝子組み換えについて研究している科学者セスは、物質を別の空間に転移する新装置“テレポッド”を発明する。セスと出会った雑誌記者のベロニカは装置のことを特ダネにしようと彼に提案し、やがて2人は愛し合う仲になる。やがてセスは自ら“テレポッド”の実験台になるが、装置の中に1匹のハエがまぎれ込んでいたせいで、彼の肉体に異常な変化が。なんとセスの肉体に、少しずつハエのような特徴が現われてくる。

ロンドンの会員制テニスクラブでコーチとして働きだした、元プロ選手のアイルランド人青年クリス。富豪の御曹司トムの知遇を得たクリスは、その妹クロエと付き合うように。そんな折、クリスの前に魅惑的な女性ノラが出現。トムの婚約者である彼女は、女優として成功するのを夢見る米国人だった。クロエと結婚したクリスの人生が上り調子になるのと対照的に、ノラとトムは別れてしまうが、クリスとノラは不倫をするようになる。

ロバート・ネビルは優れた科学者だが、彼でさえ、その恐ろしいウイルスを食い止めるすべを知らなかった。それは誰にも封じることができず、治すこともかなわず、しかも、人間が作り出したウイルスだった。なぜか免疫があったネビルは、荒れ果てたニューヨークで――あるいは世界で――ただ１人生き残っている。この３年間、彼は毎日几帳面に無線でメッセージを流し続け、必死にほかの生存者を捜してきた。だが、確かに彼は"１人"ではなかった。ウイルスに侵され、変異した人間たちが闇に潜み、彼を見つめていたのだ。ネビルを駆りたてているのは唯一残った使命、それは、彼自身の免疫のある血液を使ってウイルスの影響を改善する方法を見つけること。しかし、彼には圧倒的多数の敵が迫り、時間は刻々となくなっていく...。

ローズとクリストファーは、娘・シャロンの奇妙な言動に悩んでいた。ローズは、しばしば情緒不安定に陥り、何かに取り憑かれたかのように「サイレントヒル…」と謎のうめき声を発する娘に心を痛め、サイレントヒルという街が実在することを知り、治療のためにシャロンを連れてそこを訪ねることにする。しかし、サイレントヒルは30年前の大火によって多数の人々が死亡した忌まわしい場所であり、今では誰も近付かない廃墟と化した街であった。途中、女児誘拐犯と勘違いされて女性警官に追われるものの、二人とも帰り道が突如切れ無くなった街に取り残され、シャロンも後部座席から消えており、捜索、他の住人への聞き取りなど進めていくが不思議な現象に巻き込まれてゆく。

東シナ海を優雅に航海していた豪華客船が突然何者かに襲われる。それは深海に棲息する人食いモンスターで、3000人の乗客のうち生き残ったのはたったの3人。そしてまだ、恐怖は続いていた……。

FBI捜査官のキャンベルは、過去にロサンゼルスで女性ばかりを狙う連続殺人鬼グリフィンを追っていた。彼の手口は、大都会の片隅で孤独な生活を送る女性を数週間かけて生活や行動パターンを調べ上げ、犯行当日の朝に標的が外出した後の家に侵入し、帰宅後を襲って最後にはピアノ線で絞殺するもの。そして彼は犯行の前に捜査当局に対して標的の写る写真を送りつけて予告をしていた。だが、写真以外にヒントのない彼の予告殺人を阻止することはキャンベルですら困難で、ついには自分と不倫関係にあった人妻が襲われた末、逃走するグリフィンを追跡するのに気を取られるあまり彼女が火事で焼死するのを助けられなかった自分の無力さに嫌気が差し、現在は静かに暮らそうとシカゴに移り住んでいた。そして彼はこの件以来、偏頭痛に悩まされ、薬の服用が欠かせない体になっていた。 そんなある日、自分が住んでいたアパートの一室で同じような手口の殺人事件が発生する。キャンベルは見ることなく放置していた自分あての封筒に被害者の写真が入っていた。警察から捜査の指揮を頼まれたが断る。しかし、グリフィンから電話がかかってきて次の被害者を9時までに殺すというので、休職を返上して捜査を開始する。マスコミに女性の写真を流す。眼鏡に映った画像から勤め先は特定できたが、間に合わない。 次の写真が届く。犯人はキャンベルの勤務地のみならず精神科医ポリーの所まで訪ねる。追いつめるが逃げられ、ガソリンスタンドに火をつけられ、女性と警官3人が犠牲に。 精神科からキャンベルの診療のファイルやテープが盗まれ、昔の恋人の墓で接触するが、グリフィンはポリーを捕まえている場所まで連れて行く…。