I Crimson e i Rinne, esseri provenienti da un mondo parallelo, cercano di divorare le preziose esistenze degli umani. Per ripristinare il delicato equilibrio del mondo, le Flame Haze danno la caccia a queste entità. Eppure queste cose sono sconosciute a Yuuji Sakai, che inizia la sua giornata come un altro e va a scuola. La sua giornata, tuttavia, prende una svolta straordinaria quando vede tutti intorno a lui congelarsi sul posto e rimane l'unico in grado di muoversi. Immediatamente, un Rinne inizia a divorare le anime di coloro che lo circondano, ma mentre la creatura mette gli occhi su Yuuji, una Flame Haze che brandisce una katana con i capelli rosso fuoco lo salva. Dopo che il suo protettore ha riparato il danno fatto, lei spiega perché Yuuji è stato in grado di muoversi: è diventato una Torcia, un residuo di un essere umano morto che alla fine svanirà dalla memoria.

Mami, Saiyaka e Kyoko sono morte e la terribile strega nota come “Notte di Valpurgis” sta per attivare. L’unica speranza di poterla sconfiggere è che Madoka diventi una maga ma Homura è disposta a tutto pur di evitare che ciò avvenga. Anche se questo dovesse significare combattere da sola

Una soffocante giornata di mezza estate in cui Ozu, il "terribile amico" del protagonista, annega accidentalmente l'unico telecomando del condizionatore del loro appartamento. Mentre discutono della loro situazione con Akashi, l'interesse amoroso del protagonista dai capelli corvini, uno studente che viaggia nel tempo vestito in modo sciatto arriva da 25 anni nel futuro, spingendo il protagonista a prendere in prestito la sua macchina del tempo nel tentativo di strappare il telecomando al passato prima che si rompa.