英国のとある養鶏場。強欲な女主人ミセス・トゥイーディーの支配下、ここのメンドリたちは囚人のような毎日を送っていた。仕事といえば卵を産むことだけで、産めなくなったら食用チキンにされる運命。そんな人生に疑問を感じたジンジャーは、真のニワトリ人生を求め、今日も脱走計画を練っていた。そんなある日、空からオンドリが降ってきて養鶏場に墜落。それを見たジンジャーは「空を飛ぶ練習をすればいいんだ！」と閃く。

収穫祭の賞品として農場主アーサーにもらわれた子ブタのベイブ。牧羊犬の母犬フライはベイブに農場のルールを教えた上、自分の子供たちと同じようにベイブを可愛がってくれる。

アメリカ西部で農場を営むパールは、借金を理由に土地を奪われそうになります。その状況をなんとかしようと農場のおばさん牛3頭が懸賞金のかかっている牛泥棒を捕まえて、その懸賞金で借金を返せば牧場を取られないと考え始めました。しかし、その懸賞金がかかっているアラメダ・スリムは、なんと歌声によってい牛たちを惑わせ牛を連れ去る技を持っていて、おばさん牛3頭たちも惑わされてしまうから、さあ大変です！