Under en rutineflyvning med rumskibet "Enterprise" engang i det 23. århundrede modtager rumskibets øverstbefalende en katastrofemelding fra et rumlaboratorium, idet en opfindelse er kommet en fjende i hænde. "Enterprise" kommer siden ud i mange dueller med fjendens rumskib inden dette udslettes.
Borgerne, en fjendtligsindet, cypertekniske race, angriber jorden for at assimilere den menneskelige race. Kaptajn Picard (Patrick Stewart) leder rumskibet USS Enterprise i kampen mod Borgerne, der i første omgang overvindes. De onde fremmede flygter imidlertid, med Picard og resten af besætningen fra Enterprise i hælene, tilbage i tiden for at forhindre menneskehedens første kontakt med fremmede væsener.
Kirk og hans besætning er tilbage på Jorden, hvor de er i retten for at have kapret rumskibet Enterprise. Mens de befinder sig på Jorden, kastes de ud i et nyt eventyr. En rumsonde truer med at ødelægge planeten, hvis den ikke får lov at fortsætte sin mangeårige kommunikation med et bestemt pattedyr på Jorden, nemlig pukkelhvalen. Uheldigvis står en enkelt ting i vejen for at følge rumsondens simple krav: Pukkelhvalerne er uddøde i det 23. århundrede. Derfor rejser Kirk, Spock og resten af mandskabet tilbage i tiden til San Francisco i 1986, hvor de rammes af kulturchok og forsøger at indsamle nogle få venlige pukkelhvaler, som de kan tage med tilbage til fremtiden.
De krigeriske klingoner ønsker tilsyneladende at slutte fred med Føderationen af Forenede Planeter. Men sandheden går op for Kaptajn Kirk og hans gæve besætning, da USS Enterprise bliver syndebuk i et komplot, der får fjendskabet til at blusse op igen.
Det viser sig selvfølgelig, at Kaptajn Spock ikke døde, da han tidlgere heroisk ofrede sig. Men hans sjæl og legeme er skilt fra hinanden, og kun et metafysisk ritual på hans hjemplanet, Vulcan, kan stykke ham sammen igen. Det gode gamle skib NCC-1701 står derimod ikke til at redde, efter admiral Kirk møder klingonerne på planeten Genesis, hvor hans bedste ven og rådgiver er strandet.
Stardate: Det treogtyvende århundrede. De pensionerede Starfleet-officerer James T. Kirk, Montgomery Scott og Pavel Chekov er æresgæster ombord på det nyligt indviede Enterprise-B. Men en prøveflyvning tager en uventet drejning, da rumskibet løber på to fartøjer, som er fanget inde i Nexus - et mystisk energibånd. Under det farefulde redningsforsøg fejes Kaptajn Kirk ud i rummet. Syv årtier senere redder Kaptajn Jean-Luc Picard og besætningen på Enterprise-D en fysiker fra El Auria ved navn Soran. Hvad Picard ikke ved er, at Sorans morderiske planer indbefatter at Enterprise tilintetgøres og millioner mister livet. Nu findes Picards eneste håb for fremtiden inde i Nexus... og hos en legendarisk kaptajn fra fortiden.
Rumeventyret med besætningen af Enterprise er klar til nye eventyr. Denne gang skal de redde Ba'ku racen, som har noget, alle gerne vil have fingre i. Jagten på evig ungdom er temaet i den niende række af "Star Trek"-filmene, og med Kaptajn Picard (Patrick Stewart) i spidsen, redder holdet fra Enterprise endnu engang det gode fra det onde.
Det opdages, at en stor flåde af rumvæsener er på vej mod jorden fra Mars. Den amerikanske præsident gør sig klar til at tage imod dem, da han anser dem for venligtsindede - men dér tager han fejl. De har derimod tænkt sig at invadere jorden og lave rav i den.
Rumskibet 'Enterprise' under ledelse af Jean-Luc Picard er på en diplomatisk mission til planeten Romulus. Her støder besætningen på en trussel, der kan true jordens eksistens.
Det er stjernedato 8454.130, og den ferierende Kaptajn Kirk står over for to udfordringer: han skal bestige bjerget El Capitan i Yosemitterne og lære Spock at synge lejrsange. Men ferien bliver pludselig afbrudt da en vulkansk overløber kaprer Enterprise og styrer skibet ud på en rejse for at afsløre universets inderste hemmeligheder.