És l'any 2027 i la ciutat de Kyoto ha experimentat un immens avanç tecnològic. Allà hi viu en Naomi Katagaki, un tímid i indecís estudiant de secundària amant dels llibres. Un bon dia, a en Naomi se li apareix al davant un home que tan sols pot veure ell i que assegura que és el seu jo de deu anys en el futur. D'acord amb el Naomi del futur, d'aquí a tres mesos començarà a sortir amb la seva companya Ruri Ichigyo, però morirà en un tràgic accident. Així doncs, li demana que l'ajudi a salvar-la i d'allà en neix una curiosa camaraderia entre el Naomi del present i el del futur. De mica en mica, el Naomi del present anirà descobrint el fatal destí de la Ruri, el veritable propòsit del Naomi del futur i el gran secret ocult d'aquest món.

El conegut advocat Shigemori defensa Misumi, acusat de robatori amb homicidi, que ja va complir pena de presó per un altre assassinat fa trenta anys. Les possibilitats que Shigemori guanyi el cas són escasses, ja que el seu client reconeix ser culpable, encara que això probablement signifiqui la pena de mort. Però a mesura que desentranya el cas i escolta els testimonis del mateix Misumi i de la seva família, Shigemori comença a dubtar de la culpabilitat del client.

Un futur proper. Després de la primera invasió que va patir la humanitat, la lluita encara no s'ha acabat. El planeta torna a ser assetjat pels Kaiju, una raça d'alienígenes colossals que emergeixen des d'un portal interdimensional, amb l'objectiu de destruir la raça humana. Davant aquesta nova amenaça per a la qual els humans no estan preparats, els Jaegers, robots gegants de guerra pilotats per dues persones per suportar la immensa càrrega neural que comporta manipular-los, ja no estan a l'alçada del que se'ls ve a sobre. Serà llavors quan els supervivents de la primera invasió, a més de nous personatges com el fill de Pentecost (John Boyega), hauran d'idear la manera de sorprendre l'enorme enemic, apostant per noves estratègies defensives i d'atac. Amb la Terra en ruïnes i intentant reconstruir-se, aquesta nova batalla pot ser decisiva per al futur.