Wojna na Ziemi dobiega końca. Ziemskie siły przygotowują się do ostatecznej walki, która tym razem rozegrać się na na ziemiach należących do wroga. Amuro Ray, obecnie weteran jeszcze raz siada za sterami mecha i podejmuje kolejną walkę w swoim życiu, tym razem ma nadzieję, że będzie to już ostatnia bitwa.

Statek federacji z prototypem nowego modelu "mobile suite'a" bezpiecznie dotarł na Ziemię. Niestety, po wylądowaniu okazuje się, że znalazł się w samym centrum wrogiego terytorium. Amuro Ray ponownie zmuszony zostaje do podjęcia walki z wrogiem. Tym razem jego przeciwnikiem będą nie tylko secesjoniści, ale również własne przerażenie i strach.