2018年、正体不明の異星人たちが地球を侵略。それから9年後の2027年。世界の主要都市は異星人たち＝統治者の支配下に置かれ、シカゴでは、そのかいらいと化したアメリカ政府が強権的な管理社会体制を築き上げていた。20歳の青年ガブリエルは、死んだ父の元同僚、シカゴ警察特捜司令官マリガンの世話を受けながら、ひそかに反体制のレジスタンス活動に従事。やがて彼は兄のラファエルらとともに爆弾テロを計画するが…。

冒険好きの少年明夫とトムは、不時着した無人宇宙船に乗り込み、太陽を挟んで地球と反対側にある第10惑星に連れ去られてしまう。彼らを迎えた第10惑星人は一見友好的に見えたが、やがて本性を現わし、地球侵略のため少年たちの脳を食べて情報を得ようとする。そこへ地球からガメラが飛来、明夫たちは危ないところを救われる。だが、第10惑星人が繰り出した大悪獣ギロンの猛攻で、さしものガメラも深手を負ってしまう。

工場で働く孤独な青年・ヨウジ。彼の楽しみは、向かいの工場で働くサチコの姿を盗み見ることくらいしかない。ある晩、彼は上司に絡まれていたサチコを助ける。これをきっかけに、2人は互いに自分の気持ちを告白。だがその時、何かがサチコに襲いかかった。