Bob Harris i Charlotte són dos nord-americans que es troben a Tòquio. Bob és una estrella de cinema de mitjana edat que ha vingut a rodar un anunci. Charlotte és una dona jove que acompanya a tot arreu el seu marit, un fanàtic de la feina. Incapaços de dormir, els camins de Bob i Charlotte es creuen per casualitat i no trigarà a néixer entre ells una sorprenent amistat. S'aventuren junts a la vida nocturna de Tòquio, comparteixen inoblidables experiències amb els habitants de la ciutat i acaben descobrint una nova manera de veure la vida.

Al Japó, al segle XVII. Quatre samurais persegueixen el príncep Kenshin que s'ha amotinat contra el seu pare. Detingut i empresonat, Kenshin agafa un ceptre. Dels nostres dies, a Nova York, la periodista April O'Neil, ha vingut a oferir als seus amics Leonardo, Donatello, Raphael, Michelangelo i Splinter el mateix ceptre que ha trobat en un antiquari. Mentre que en llegeix la inscripció, desapareix i Kenshin apareix en el seu lloc. Les quatre tortugues Ninja tornen al segle XVII per lliurar April i ajudar la princesa Mitsu a resistir a la invasió de les tropes del rei Norinaga. Seran ajudats per un jove pirata Whit Whitley, l'avantpassat de Casey Jones…